RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	UFL1	O94874	794 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	POTEI	P0CG38	1075 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	POTEJ	P0CG39	1038 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	ITGA6	P23229	1130 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	29.12	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	XDH	P47989	1333 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	MYH3	P11055	1940 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	SCNN1D	P51172	638 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	CEP350	Q5VT06	3117 aa		29.1	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	RAD17	O75943	681 aa		29.1	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	ATP2B4	P23634	1241 aa		29.1	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		29.1	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		29.1	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	YDJC	A8MPS7	323 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	FOXO4	P98177	505 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM161A	Q3B820	660 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	DBNDD1	Q9H9R9	158 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289		G3V3G9	751 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	EPS15	P42566	896 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	LTBP1	Q14766	1721 aa		29.07	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		29.07	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	ECE2	O60344	883 aa		29.06	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	GMPS	P49915	693 aa	Predicted RBP	29.06	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	29.06	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	DOK7	Q18PE1	504 aa		29.06	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	29.06	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	29.06	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		29.05	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	ADARB2	Q9NS39	739 aa	Known RBP	29.04	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	UTY	O14607	1347 aa		29.02	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	PSMD14	O00487	310 aa		29.02	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	29.02	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		29.02	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	DNAJC5G	Q8N7S2	189 aa		29.02	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		29.02	■■■□□ 2.24
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	29.01	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	29.01	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	29.01	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		29.01	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	DPF2	Q92785	391 aa		29.01	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	HTRA3	P83110	453 aa		29	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	CNTROB	Q8N137	903 aa		29	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	29	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289		H7C1D1	291 aa		28.99	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	28.99	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	28.99	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP1S	Q66K74	1059 aa	Predicted RBP	28.99	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	PODN	Q7Z5L7	613 aa		28.99	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		28.99	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		28.98	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	SUCLG2	Q96I99	432 aa		28.98	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	28.98	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	28.98	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	MED23	Q9ULK4	1368 aa		28.98	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	PASK	Q96RG2	1323 aa		28.97	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	28.97	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	CHRND	Q07001	517 aa		28.97	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	28.97	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		28.97	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		28.96	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	28.96	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	28.96	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	KAZALD1	Q96I82	304 aa		28.96	■■■□□ 2.23
PTPN4-208	ENST00000460289	KCNJ4	P48050	445 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	MICALL2	Q8IY33	904 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	KLRG1	Q96E93	195 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	USP44	Q9H0E7	712 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	CREBZF	Q9NS37	354 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	SPEF2	Q9C093	1822 aa		28.94	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	COA1	Q9GZY4	146 aa		28.93	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF16B	Q96L93	1317 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L3	A6NCW0	530 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L4	A6NCW7	530 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	TMEM88B	A6NKF7	163 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	TAF5L	O75529	589 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	28.89	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		28.89	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	28.89	■■■□□ 2.22
PTPN4-208	ENST00000460289	SHTN1	A0MZ66	631 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PTPN4-208	ENST00000460289	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	28.88	■■■□□ 2.21
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PTPN4-208	ENST00000460289	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		28.88	■■■□□ 2.21

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