RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	IFI30	P13284	250 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT5A	P41221	380 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	YAP1	P46937	504 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF84	P51523	738 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH15	P55291	814 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TAF11	Q15544	211 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CR1L	Q2VPA4	569 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ALG10	Q5BKT4	473 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	PABPC1L2A	Q5JQF8	200 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RGS7BP	Q6MZT1	257 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CBLL1	Q75N03	491 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ARPIN	Q7Z6K5	226 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IGFN1	Q86VF2	1251 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF101	Q8IZC7	436 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC18	Q8N456	261 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	POM121L2	Q96KW2	1035 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ALG12	Q9BV10	488 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF121	Q9H920	327 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF275	Q9NSD4	429 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RHCG	Q9UBD6	479 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF346	Q9UL40	294 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ANK2	Q01484	3957 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	STAB1	Q9NY15	2570 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV27	A0A087WT01	109 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WUU8	490 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PPW3	197 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC22A23	A1A5C7	686 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HTR3E	A5X5Y0	456 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCR6	O00574	342 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC42EP2	O14613	210 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SCG5	P05408	212 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF32	P17041	273 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SRD5A1	P18405	259 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ACHE	P22303	614 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MDH1	P40925	334 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEB1	P43366	347 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	GSK3B	P49841	420 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC7A2	P52569	658 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	UCP2	P55851	309 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS11	P82912	194 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SRSF2	Q01130	221 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKCD	Q05655	676 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TOP3A	Q13472	1001 aa	Predicted RBP	10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CCNI	Q14094	377 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D28	Q2M2D7	210 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ALKBH6	Q3KRA9	238 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TBPL2	Q6SJ96	375 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	NRM	Q8IXM6	262 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01356	Q8N9X3	169 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDND2	Q8NHS1	167 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM158	Q8WZ71	300 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RDH5	Q92781	318 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT5B	Q9H1J7	359 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	OR51B6	Q9H340	312 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH20	Q9HBT6	801 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TAAR3P	Q9P1P4	343 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	STX18	Q9P2W9	335 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ABCD2	Q9UBJ2	740 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP13	Q9UII6	198 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	AP3M1	Q9Y2T2	418 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	YLPM1	P49750	1951 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RTTN	Q86VV8	2226 aa		10.22	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IQCM	A0A1B0GVH7	501 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf100	A8MU93	164 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ICMT	O60725	284 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV3-13	P01766	116 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IFNW1	P05000	195 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LSP1	P33241	339 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR6	P46095	362 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	KLF3	P57682	345 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CTXN1	P60606	82 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LMO4	P61968	165 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	PSG4	Q00888	419 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CD47	Q08722	323 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ENDOG	Q14249	297 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAM2	Q15035	370 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM27B	Q5VT28	67 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HACD2	Q6Y1H2	254 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM122B	Q7Z309	247 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	OR13C2	Q8NGS9	318 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	AKR7L	Q8NHP1	331 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SYNPR	Q8TBG9	265 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	GEMIN6	Q8WXD5	167 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ACOT11	Q8WXI4	607 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LZIC	Q8WZA0	190 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	NSMAF	Q92636	917 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HSH2D	Q96JZ2	352 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	BCL2L14	Q9BZR8	327 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MYLK2	Q9H1R3	596 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HINT3	Q9NQE9	182 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	NKIRAS2	Q9NYR9	191 aa		10.21	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM157A	C9JC47	383 aa		10.2	□□□□□ -0.78
PTPRF-211	ENST00000467464		H7C1C5	153 aa		10.2	□□□□□ -0.78
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF682	O95780	498 aa		10.2	□□□□□ -0.78
PTPRF-211	ENST00000467464	SERPINA1	P01009	418 aa		10.2	□□□□□ -0.78
PTPRF-211	ENST00000467464	PTH	P01270	115 aa		10.2	□□□□□ -0.78
PTPRF-211	ENST00000467464	LCK	P06239	509 aa		10.2	□□□□□ -0.78
PTPRF-211	ENST00000467464	CST2	P09228	141 aa		10.2	□□□□□ -0.78

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