RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC6A8	P48029	635 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	OCRL	Q01968	901 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM27E3	Q08E93	113 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PTGR1	Q14914	329 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PON3	Q15166	354 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	VPS26B	Q4G0F5	336 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CCNJ	Q5T5M9	372 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	FIGNL1	Q6PIW4	674 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LRIG3	Q6UXM1	1119 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	R3HCC1L	Q7Z5L2	792 aa	Known RBP	10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MEIOB	Q8N635	442 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTCAP2	Q8N6L1	136 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GATS	Q8NAP1	163 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	POC1B	Q8TC44	478 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	COQ8B	Q96D53	544 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	YIPF4	Q9BSR8	244 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf50	Q9BV19	199 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PINK1	Q9BXM7	581 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CXorf36	Q9H7Y0	433 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DLL4	Q9NR61	685 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP22	Q9NRW4	184 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GPATCH2	Q9NW75	528 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	AP4B1	Q9Y6B7	739 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PQD3	144 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PRB8	838 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	OIP5	O43482	229 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GMFG	O60234	142 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SLU7	O95391	586 aa	Known RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF17	P17021	662 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	HPCAL1	P37235	193 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CPA2	P48052	419 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CLK3	P49761	638 aa	Known RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DIO3	P55073	304 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C21orf58	P58505	322 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	EEF1A1	P68104	462 aa	Known RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LASP1	Q14847	261 aa	Known RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PLPPR5	Q32ZL2	321 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	EEF1A1P5	Q5VTE0	462 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2A2	Q6IF42	318 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	EMB	Q6PCB8	327 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZCCHC12	Q6PEW1	402 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	P4HA3	Q7Z4N8	544 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	TGIF2LY	Q8IUE0	185 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GTPBP8	Q8N3Z3	284 aa	Predicted RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MREG	Q8N565	214 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	COX18	Q8N8Q8	333 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SMPDL3B	Q92485	455 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CDS1	Q92903	461 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF524	Q96C55	264 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MARK4	Q96L34	752 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ALPK1	Q96QP1	1244 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	STAC	Q99469	402 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	OPN3	Q9H1Y3	402 aa	Predicted RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF395	Q9H8N7	513 aa	Predicted RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	EML4	Q9HC35	981 aa	Known RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZCCHC3	Q9NUD5	404 aa	Known RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MED17	Q9NVC6	651 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GIN1	Q9NXP7	522 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	VDAC3	Q9Y277	283 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNE3	Q9Y6H6	103 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SPG11	Q96JI7	2443 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WZY1	265 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DEFB108A	A8MXU0	73 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM114	B3SHH9	223 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	NPIPB9	F8W1W9	429 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CTIF	O43310	598 aa	Known RBP	10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFB5	O43674	189 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ITM2A	O43736	263 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SKAP2	O75563	359 aa	Predicted RBP	10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LYPLA1	O75608	230 aa	Predicted RBP	10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C6orf47	O95873	294 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ALOX5	P09917	674 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LINGO3	P0C6S8	592 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CD8B	P10966	210 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DNASE1	P24855	282 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LOX	P28300	417 aa	Predicted RBP	10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPK1	P28482	360 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CPOX	P36551	454 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CD79B	P40259	229 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PRIM2	P49643	509 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	EEFSEC	P57772	596 aa	Known RBP	10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SIRPA	P78324	504 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF844	Q08AG5	666 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	IFFO1	Q0D2I5	559 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	POU4F3	Q15319	338 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP6AP1L	Q52LC2	224 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX59	Q5T1V6	619 aa	Known RBP eCLIP	10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	IL23R	Q5VWK5	629 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC73	Q6P1J9	531 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C22orf34	Q6ZV56	151 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SZRD1	Q7Z422	152 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CAMKMT	Q7Z624	323 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP1-3	Q8IUG1	177 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	HOMEZ	Q8IX15	550 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CNEP1R1	Q8N9A8	125 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ACTRT2	Q8TDY3	377 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5P2	Q8WZ92	322 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PKNOX2	Q96KN3	472 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF145	Q96MT1	663 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	WFIKKN1	Q96NZ8	548 aa		10.74	□□□□□ -0.69

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