RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566600.1

NME3-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 913 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-209	ENST00000566600	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		33.32	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		33.32	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	33.32	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	CHRNA5	P30532	468 aa		33.31	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	GPR162	Q16538	588 aa		33.31	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	ERFE	Q4G0M1	354 aa		33.31	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		33.31	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	PIM2	Q9P1W9	311 aa		33.31	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		33.3	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		33.3	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		33.3	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	KCNA3	P22001	575 aa		33.29	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	33.29	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		33.28	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	PTPRC	P08575	1304 aa		33.28	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	33.27	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		33.27	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	33.27	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	ABCC12	Q96J65	1359 aa		33.26	■■■□□ 2.92
NME3-209	ENST00000566600	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		33.26	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		33.25	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	33.25	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	33.25	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	33.24	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	33.24	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	GRIN3B	O60391	1043 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	IGKV5-2	P06315	115 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	SRGN	P10124	158 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	STYK1	Q6J9G0	422 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	33.23	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	LINS1	Q8NG48	757 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	MASTL	Q96GX5	879 aa		33.23	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	33.22	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	33.22	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	NLRP3	Q96P20	1036 aa		33.22	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	BCS1L	Q9Y276	419 aa		33.22	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600		F6X3S4	739 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	NPR1	P16066	1061 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	TTLL6	Q8N841	843 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	FAM89A	Q96GI7	184 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	33.2	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	CRY2	Q49AN0	593 aa		33.2	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	CNKSR1	Q969H4	720 aa		33.2	■■■□□ 2.91
NME3-209	ENST00000566600	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	33.19	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	33.18	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	SYNE4	Q8N205	404 aa		33.18	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	KIF16B	Q96L93	1317 aa		33.18	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	33.17	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	BEND3	Q5T5X7	828 aa		33.17	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	33.17	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	33.16	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	GCKR	Q14397	625 aa		33.16	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		33.16	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	ALDH1B1	P30837	517 aa		33.15	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	33.15	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		33.14	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		33.14	■■■□□ 2.9
NME3-209	ENST00000566600	ALDH1L1	O75891	902 aa		33.13	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	33.13	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	33.13	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	33.13	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	SRCIN1	Q9C0H9	1055 aa		33.13	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		33.12	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	33.11	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600		H7C1W4	665 aa		33.11	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		33.11	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	LAMB2	P55268	1798 aa		33.11	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		33.1	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	33.09	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	PDE8A	O60658	829 aa		33.08	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	BCAR3	O75815	825 aa		33.08	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	33.08	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		33.08	■■■□□ 2.89
NME3-209	ENST00000566600	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	33.07	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	SOGA3	Q5TF21	947 aa		33.06	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	33.05	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	GRM8	O00222	908 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	33.04	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	33.04	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	SLX4	Q8IY92	1834 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	CACNA1S	Q13698	1873 aa		33.03	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	C21orf2	O43822	256 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	CASP7	P55210	303 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-209	ENST00000566600	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		33.01	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	ABCC4	O15439	1325 aa		33.01	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	CTSW	P56202	376 aa		33	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		33	■■■□□ 2.87
NME3-209	ENST00000566600	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	33	■■■□□ 2.87

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