RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000545663.5

CLSTN3-216, Transcript of calsyntenin 3, humanhuman

TSL 4

Gene CLSTN3, Length 533 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLSTN3-216ENST00000545663 TMF1P82094 1093 aa22.03■■□□□ 1.12
CLSTN3-216ENST00000545663 FAM161AQ3B820 660 aa22.03■■□□□ 1.12
CLSTN3-216ENST00000545663 NLGN1Q8N2Q7 840 aa22.02■■□□□ 1.12
CLSTN3-216ENST00000545663 CCDC87Q9NVE4 849 aa22.02■■□□□ 1.12
CLSTN3-216ENST00000545663 PIM2Q9P1W9 311 aa22.02■■□□□ 1.12
CLSTN3-216ENST00000545663 TNRC6CQ9HCJ0 1690 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 BRCA1P38398 1863 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 MKRN1Q9UHC7 482 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 ASAP1Q9ULH1 1129 aa22.01■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 A0A1W2PP64 1363 aa22■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 ATP6V1AP38606 617 aa22■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 DALRD3Q5D0E6 543 aaKnown RBP22■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 ITGB4P16144 1822 aa22■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP21.99■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 TRAPPC3LQ5T215 181 aa21.99■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 L3MBTL2Q969R5 705 aa21.99■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 VEGFAP15692 232 aaPredicted RBP21.98■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 ARFGEF1Q9Y6D6 1849 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 GYS1P13807 737 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 CHRNA5P30532 468 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 RASSF7Q02833 373 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 ARHGEF1Q92888 912 aaKnown RBP21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 COG3Q96JB2 828 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 TERF2IPQ9NYB0 399 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 PARP3Q9Y6F1 533 aa21.97■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLSTN3-216ENST00000545663 C4AP0C0L4 1744 aa21.95■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 PRDM10Q9NQV6 1147 aa21.95■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 SBF1O95248 1867 aa21.94■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 GLTPD2A6NH11 291 aa21.93■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa21.93■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 POTECB2RU33 542 aa21.92■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP21.91■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 SLC4A9Q96Q91 983 aa21.91■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 ATG3Q9NT62 314 aa21.91■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 TMOD3Q9NYL9 352 aa21.91■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 ABHD8Q96I13 439 aa21.9■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 RTL1A6NKG5 1358 aa21.89■■□□□ 1.1
CLSTN3-216ENST00000545663 RFC4P35249 363 aa21.89■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 CREBZFQ9NS37 354 aa21.89■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 CTCFP49711 727 aaPredicted RBP21.88■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 DDR1Q08345 913 aa21.88■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 LBX1P52954 281 aa21.87■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 KDM6AO15550 1401 aaPredicted RBP21.87■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP21.87■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 LMNB1P20700 586 aa21.86■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 SRP68Q9UHB9 627 aaKnown RBP21.86■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 ZC3H4Q9UPT8 1303 aaKnown RBP21.85■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 FKBP8Q14318 412 aa21.85■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 RPS6KA4O75676 772 aa21.84■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 POTEIP0CG38 1075 aa21.84■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 POTEJP0CG39 1038 aa21.84■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 ADRA2BP18089 450 aa21.84■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 AIDAQ96BJ3 306 aa21.84■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 MLLT1Q03111 559 aaPredicted RBP21.83■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 RBM42Q9BTD8 480 aaKnown RBP21.83■■□□□ 1.09
CLSTN3-216ENST00000545663 INSRP06213 1382 aa21.83■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 KDRP35968 1356 aa21.83■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 CNTNAP1P78357 1384 aa21.83■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 VEGFBP49765 207 aa21.82■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 RC3H1Q5TC82 1133 aaKnown RBP21.82■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 GGNBP2Q9H3C7 697 aa21.82■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 CHADLQ6NUI6 762 aa21.81■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 SPG7Q9UQ90 795 aa21.81■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 WBP1LQ9NX94 342 aa21.8■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 CCDC85CA6NKD9 419 aa21.79■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 FYB1O15117 783 aa21.79■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 CNTNAP4Q9C0A0 1308 aa21.79■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 TNRC18O15417 2968 aaPredicted RBP21.78■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 SIN3AQ96ST3 1273 aa21.78■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 POLRMTO00411 1230 aaKnown RBP21.77■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 PHKG2P15735 406 aa21.77■■□□□ 1.08
CLSTN3-216ENST00000545663 NFKBIEO00221 500 aa21.76■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 HSPA8P11142 646 aaKnown RBP21.76■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 TM4SF1P30408 202 aa21.75■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 RGS19P49795 217 aa21.75■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP21.75■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 TIAM2Q8IVF5 1701 aa21.75■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 MYH14Q7Z406 1995 aaKnown RBP21.74■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 DPY19L2Q6NUT2 758 aa21.74■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 IFNL2Q8IZJ0 200 aa21.74■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 CARD11Q9BXL7 1154 aa21.74■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 FLT4P35916 1363 aa21.74■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 PUS7Q96PZ0 661 aaKnown RBP21.73■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa21.72■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 PASKQ96RG2 1323 aa21.72■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 COL5A3P25940 1745 aaPredicted RBP21.72■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 CCDC88AQ3V6T2 1871 aa21.71■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 CRKLP46109 303 aaKnown RBP21.71■■□□□ 1.07
CLSTN3-216ENST00000545663 NEUROD1Q13562 356 aa21.7■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 TTLL6Q8N841 843 aa21.7■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP21.7■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 NCAPD2Q15021 1401 aa21.7■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP21.69■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 DDNO94850 711 aaPredicted RBP21.69■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 EYA1Q99502 592 aa21.69■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 TMEM88BA6NKF7 163 aa21.68■■□□□ 1.06
CLSTN3-216ENST00000545663 ERFEQ4G0M1 354 aa21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17.7 ms