Protein–RNA interactions for Protein: Q04887

Sox9, Transcription factor SOX-9, mousemouse

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox9Q04887 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC42.07■■■■■ 4.33
Sox9Q04887 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
Sox9Q04887 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
Sox9Q04887 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC36.83■■■■□ 3.49
Sox9Q04887 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
Sox9Q04887 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Sox9Q04887 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
Sox9Q04887 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Sox9Q04887 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC35.15■■■■□ 3.22
Sox9Q04887 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
Sox9Q04887 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC35.08■■■■□ 3.21
Sox9Q04887 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
Sox9Q04887 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
Sox9Q04887 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Sox9Q04887 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Sox9Q04887 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
Sox9Q04887 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
Sox9Q04887 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
Sox9Q04887 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Sox9Q04887 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC33.5■■■□□ 2.95
Sox9Q04887 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
Sox9Q04887 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
Sox9Q04887 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Sox9Q04887 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
Sox9Q04887 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
Sox9Q04887 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
Sox9Q04887 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
Sox9Q04887 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
Sox9Q04887 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Sox9Q04887 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC32.28■■■□□ 2.76
Sox9Q04887 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
Sox9Q04887 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
Sox9Q04887 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Sox9Q04887 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.99■■■□□ 2.71
Sox9Q04887 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC31.98■■■□□ 2.71
Sox9Q04887 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.96■■■□□ 2.71
Sox9Q04887 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
Sox9Q04887 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
Sox9Q04887 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
Sox9Q04887 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
Sox9Q04887 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC31.76■■■□□ 2.67
Sox9Q04887 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
Sox9Q04887 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
Sox9Q04887 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
Sox9Q04887 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
Sox9Q04887 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC31.59■■■□□ 2.65
Sox9Q04887 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
Sox9Q04887 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
Sox9Q04887 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
Sox9Q04887 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
Sox9Q04887 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
Sox9Q04887 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
Sox9Q04887 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
Sox9Q04887 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
Sox9Q04887 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
Sox9Q04887 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
Sox9Q04887 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
Sox9Q04887 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC30.94■■■□□ 2.54
Sox9Q04887 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
Sox9Q04887 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC30.9■■■□□ 2.54
Sox9Q04887 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC30.9■■■□□ 2.54
Sox9Q04887 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
Sox9Q04887 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
Sox9Q04887 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
Sox9Q04887 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
Sox9Q04887 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
Sox9Q04887 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
Sox9Q04887 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
Sox9Q04887 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
Sox9Q04887 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC30.49■■■□□ 2.47
Sox9Q04887 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
Sox9Q04887 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
Sox9Q04887 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
Sox9Q04887 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Sox9Q04887 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
Sox9Q04887 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
Sox9Q04887 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
Sox9Q04887 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
Sox9Q04887 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
Sox9Q04887 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Sox9Q04887 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
Sox9Q04887 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
Sox9Q04887 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Sox9Q04887 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Sox9Q04887 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Sox9Q04887 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
Sox9Q04887 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Sox9Q04887 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Sox9Q04887 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Sox9Q04887 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Sox9Q04887 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Sox9Q04887 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Sox9Q04887 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
Sox9Q04887 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Sox9Q04887 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Sox9Q04887 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
Sox9Q04887 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
Sox9Q04887 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Sox9Q04887 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Sox9Q04887 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.3 ms