Protein–RNA interactions for Protein: P43241

Cdx2, Homeobox protein CDX-2, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cdx2P43241 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC38.03■■■■□ 3.68
Cdx2P43241 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
Cdx2P43241 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
Cdx2P43241 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
Cdx2P43241 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC32.99■■■□□ 2.87
Cdx2P43241 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
Cdx2P43241 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Cdx2P43241 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Cdx2P43241 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Cdx2P43241 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
Cdx2P43241 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
Cdx2P43241 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
Cdx2P43241 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC30.95■■■□□ 2.55
Cdx2P43241 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
Cdx2P43241 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
Cdx2P43241 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
Cdx2P43241 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
Cdx2P43241 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
Cdx2P43241 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC30.52■■■□□ 2.48
Cdx2P43241 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Cdx2P43241 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
Cdx2P43241 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
Cdx2P43241 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
Cdx2P43241 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Cdx2P43241 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
Cdx2P43241 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
Cdx2P43241 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Cdx2P43241 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
Cdx2P43241 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Cdx2P43241 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Cdx2P43241 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Cdx2P43241 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Cdx2P43241 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Cdx2P43241 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
Cdx2P43241 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Cdx2P43241 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Cdx2P43241 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Cdx2P43241 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Cdx2P43241 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Cdx2P43241 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
Cdx2P43241 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Cdx2P43241 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
Cdx2P43241 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Cdx2P43241 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Cdx2P43241 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
Cdx2P43241 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Cdx2P43241 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Cdx2P43241 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Cdx2P43241 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
Cdx2P43241 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
Cdx2P43241 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
Cdx2P43241 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Cdx2P43241 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Cdx2P43241 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Cdx2P43241 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Cdx2P43241 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Cdx2P43241 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Cdx2P43241 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Cdx2P43241 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Cdx2P43241 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Cdx2P43241 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Cdx2P43241 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Cdx2P43241 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Cdx2P43241 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Cdx2P43241 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Cdx2P43241 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Cdx2P43241 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Cdx2P43241 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Cdx2P43241 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Cdx2P43241 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Cdx2P43241 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Cdx2P43241 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Cdx2P43241 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Cdx2P43241 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Cdx2P43241 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Cdx2P43241 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Cdx2P43241 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Cdx2P43241 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Cdx2P43241 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Cdx2P43241 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Cdx2P43241 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Cdx2P43241 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Cdx2P43241 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Cdx2P43241 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Cdx2P43241 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cdx2P43241 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Cdx2P43241 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Cdx2P43241 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Cdx2P43241 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC27.52■■■□□ 2
Cdx2P43241 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Cdx2P43241 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Cdx2P43241 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Cdx2P43241 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Cdx2P43241 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Cdx2P43241 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Cdx2P43241 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Cdx2P43241 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Cdx2P43241 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
Cdx2P43241 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Cdx2P43241 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.2 ms