Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

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Length 1,235 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 RNA5SP227-201ENST00000516184 113 ntBASIC0.98□□□□□ -2.25
USP40Q9NVE5 RNA5SP268-201ENST00000516828 124 ntBASIC0.98□□□□□ -2.25
USP40Q9NVE5 AC025627.3-201ENST00000582078 182 ntBASIC0.98□□□□□ -2.25
USP40Q9NVE5 ACA64.5-201ENST00000516207 127 ntBASIC0.97□□□□□ -2.25
USP40Q9NVE5 MIR4473-201ENST00000583731 91 ntBASIC0.97□□□□□ -2.25
USP40Q9NVE5 CCDC73-201ENST00000335185 3849 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SNORA33.1-201ENST00000364957 130 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 IL6ST-202ENST00000381286 201 ntTSL 1 (best) BASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR521-2-201ENST00000384818 87 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR548E-201ENST00000408287 88 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 RNU6ATAC27P-201ENST00000408289 119 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 AC021146.9-201ENST00000512503 156 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR4714-201ENST00000580728 77 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR548V-201ENST00000584165 80 ntBASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 UBL4A-207ENST00000630530 102 ntTSL 5 BASIC0.96□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 Y_RNA.236-201ENST00000364427 111 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR466-201ENST00000580653 84 ntBASIC0.95□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 RNA5SP215-201ENST00000363440 122 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 RNU6-351P-201ENST00000516097 100 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 U2.7-201ENST00000619197 100 ntBASIC0.94□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 Y_RNA.407-201ENST00000383986 113 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR630-201ENST00000384957 97 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 AC006210.1-201ENST00000424882 111 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 HMGN2P22-201ENST00000427588 175 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 RNU7-174P-201ENST00000516248 59 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SCARNA17.3-201ENST00000516381 125 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 AL353765.1-201ENST00000605514 183 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 U4.4-201ENST00000620626 117 ntBASIC0.93□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 C9orf84-203ENST00000374287 4721 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC0.92□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SNORD114-2-201ENST00000363953 78 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 Y_RNA.250-201ENST00000364542 110 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SNORD113-4-201ENST00000364802 75 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 AC007991.2-201ENST00000520185 102 ntTSL 5 BASIC0.92□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR6835-201ENST00000621552 64 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 AC090617.8-201ENST00000623339 167 ntBASIC0.92□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 Y_RNA.125-201ENST00000363371 111 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SNORD114-4-201ENST00000363962 75 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SNORA63.6-201ENST00000364921 119 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 MIR608-201ENST00000384820 100 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SNORD110-201ENST00000408189 75 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 RNA5SP222-201ENST00000411039 105 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 RNU6-122P-201ENST00000516818 107 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
USP40Q9NVE5 SNORD60.1-201ENST00000362451 73 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
USP40Q9NVE5 RNA5SP517-201ENST00000364724 117 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
USP40Q9NVE5 RNU6-1162P-201ENST00000384443 104 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
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USP40Q9NVE5 AC069271.1-201ENST00000445577 156 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
USP40Q9NVE5 RNU6-92P-201ENST00000605893 104 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
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USP40Q9NVE5 RNU6-940P-201ENST00000363433 104 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
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USP40Q9NVE5 RNU6-1246P-201ENST00000391064 107 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
USP40Q9NVE5 PSMC1P5-201ENST00000512850 177 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
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USP40Q9NVE5 RNU6-34P-201ENST00000364874 107 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
USP40Q9NVE5 RNU4-45P-201ENST00000365469 141 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
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USP40Q9NVE5 AL162399.1-201ENST00000426090 130 ntTSL 3 BASIC0.84□□□□□ -2.27
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USP40Q9NVE5 Y_RNA.325-201ENST00000365171 122 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 RNU6-302P-201ENST00000365249 107 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 RNU4-54P-201ENST00000516428 129 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 MIR4653-201ENST00000585107 83 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 SNORD118-201ENST00000363593 134 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 Y_RNA.374-201ENST00000365606 101 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 MIR140-201ENST00000385282 100 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 SNORD113-2-201ENST00000391082 72 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
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USP40Q9NVE5 TEX15-201ENST00000256246 10110 ntTSL 1 (best) BASIC0.82□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 MIR6755-201ENST00000619993 66 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 SNORA9.1-201ENST00000362412 131 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 SNORD114-23-201ENST00000363536 72 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 RNU6-337P-201ENST00000391243 106 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 RNU6ATAC31P-201ENST00000408513 126 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 CYP3A54P-201ENST00000566950 75 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 uc_338.10-201ENST00000621872 182 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 C18orf54-201ENST00000300091 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 ZNF518A-209ENST00000614149 7911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC0.8□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 RNU6-175P-201ENST00000516896 107 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 AC243829.3-201ENST00000622177 108 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 RNU6-110P-201ENST00000384508 104 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
USP40Q9NVE5 AC010487.4-201ENST00000637027 61 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
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