Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNU6-850P-201ENST00000516934 103 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 MIR3678-201ENST00000578455 94 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 MIR4752-201ENST00000579672 72 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 RNU6-86P-201ENST00000606534 107 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 MIR6718-201ENST00000616153 80 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 HOXA11-AS1_6.1-201ENST00000620092 179 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 AC025521.1-201ENST00000621624 286 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 AP001362.1-201ENST00000625165 124 ntBASIC0.41□□□□□ -2.34
SHHQ15465 Y_RNA.49-201ENST00000362714 112 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.323-201ENST00000365157 109 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-1056P-201ENST00000383996 107 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR1912-201ENST00000410389 80 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SPINT5P-201ENST00000448174 155 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AC067940.1-201ENST00000458411 300 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-162P-201ENST00000516228 103 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR4679-2-201ENST00000578358 77 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORA25.18-201ENST00000607153 114 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AL442128.1-201ENST00000615151 90 ntBASIC0.4□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.98-201ENST00000363109 102 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.163-201ENST00000363702 113 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORD18A-201ENST00000363753 72 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNA5SP517-201ENST00000364724 117 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-945P-201ENST00000383947 107 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-644P-201ENST00000391155 98 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR548G-201ENST00000408442 89 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORD63B-201ENST00000411005 70 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AL035461.1-201ENST00000421490 332 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 snoU13.11-201ENST00000459219 104 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU7-161P-201ENST00000517289 62 ntBASIC0.39□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNY3P2-201ENST00000362918 102 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU4-58P-201ENST00000363192 141 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.273-201ENST00000364703 102 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-147P-201ENST00000383983 107 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR181B2-201ENST00000385004 89 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AL031386.1-201ENST00000411940 142 ntTSL 5 BASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AC079760.1-201ENST00000456952 202 ntTSL 3 BASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.659-201ENST00000515994 113 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-904P-201ENST00000516206 101 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-1232P-201ENST00000516299 86 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNA5SP94-201ENST00000516917 108 ntBASIC0.38□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-957P-201ENST00000363652 99 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.173-201ENST00000363776 113 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU4-45P-201ENST00000365469 141 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR488-201ENST00000365739 83 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.507-201ENST00000384500 99 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU7-61P-201ENST00000515897 61 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORA68.3-201ENST00000515906 83 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MTND5P40-201ENST00000559945 246 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AC244669.1-204ENST00000621564 178 ntBASIC0.37□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-170P-201ENST00000362832 104 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORD36A-201ENST00000362874 73 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-1244P-201ENST00000363614 108 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.190-201ENST00000363964 101 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.309-201ENST00000365046 111 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-756P-201ENST00000383997 107 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORA51.5-201ENST00000384126 131 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-524P-201ENST00000384270 107 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.567-201ENST00000384736 106 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORD90-201ENST00000391145 111 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.629-201ENST00000411368 105 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-765P-201ENST00000516916 99 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AC007991.2-201ENST00000520185 102 ntTSL 5 BASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR4694-201ENST00000578534 80 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR548AG2-201ENST00000581228 64 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AC103810.7-201ENST00000607821 91 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 U6.100-201ENST00000636230 99 ntBASIC0.36□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AC090625.1-201ENST00000357130 210 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR103A1-201ENST00000362165 78 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR101-2-201ENST00000362195 79 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORD115-24-201ENST00000363528 82 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 SNORD38.1-201ENST00000363863 68 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-1081P-201ENST00000384537 107 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNY1P7-201ENST00000384743 110 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR599-201ENST00000385069 95 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR140-201ENST00000385282 100 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 LINC00345-201ENST00000443679 285 ntTSL 5 BASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AC069271.1-201ENST00000445577 156 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU7-85P-201ENST00000458851 63 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU7-104P-201ENST00000459398 79 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU6-919P-201ENST00000516731 104 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 AL513043.2-201ENST00000573941 143 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR5589-201ENST00000579442 60 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR4802-201ENST00000581881 80 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 RNU1-29P-201ENST00000606574 126 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 MIR7107-201ENST00000611489 80 ntBASIC0.35□□□□□ -2.35
SHHQ15465 Y_RNA.56-201ENST00000362798 112 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.57-201ENST00000362806 113 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.95-201ENST00000363079 95 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-640P-201ENST00000363693 105 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP117-201ENST00000365294 118 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 SNORD28-201ENST00000384706 75 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP299-201ENST00000391203 116 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6ATAC11P-201ENST00000408541 125 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 COX7A2-206ENST00000472311 325 ntTSL 2 BASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNA5SP47-201ENST00000517230 109 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-90P-201ENST00000606352 106 ntBASIC0.34□□□□□ -2.36
SHHQ15465 RNU6-153P-201ENST00000364422 104 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.290-201ENST00000364879 114 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.342-201ENST00000365352 113 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
SHHQ15465 Y_RNA.348-201ENST00000365403 103 ntBASIC0.33□□□□□ -2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 239.6 ms