Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC015818.7-201ENST00000428754 109 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC087499.7-201ENST00000441958 109 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 Y_RNA.694-201ENST00000516677 117 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 AC090897.1-201ENST00000580909 226 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR4777-201ENST00000583710 86 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-90P-201ENST00000606352 106 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-1298P-201ENST00000362456 101 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR19B1-201ENST00000384829 87 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 SNORA25.16-201ENST00000516741 121 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 MIR4676-201ENST00000583078 72 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 HIF1A-204ENST00000539097 3956 ntTSL 1 (best) BASIC1.4□□□□□ -2.18
USP53Q70EK8 RNU6-403P-201ENST00000363163 104 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU4-58P-201ENST00000363192 141 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.173-201ENST00000363776 113 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-1163P-201ENST00000364516 107 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-53P-201ENST00000365367 106 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 AC109327.2-201ENST00000448339 378 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RPS29P23-201ENST00000458635 123 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-1194P-201ENST00000516208 104 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR4500-201ENST00000579472 76 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RMST_2.1-201ENST00000617263 136 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 ZNF654-201ENST00000309495 4957 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 SNORD114-22-201ENST00000365423 72 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR320A-201ENST00000385302 82 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-955P-201ENST00000410497 104 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 SPINT5P-201ENST00000448174 155 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 SNRPGP12-201ENST00000449481 213 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 COX7A2-206ENST00000472311 325 ntTSL 2 BASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-531P-201ENST00000516694 104 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 IGLVVI-22-1-201ENST00000521183 211 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MTND5P40-201ENST00000559945 246 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR548Z-201ENST00000584743 97 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR8066-201ENST00000617280 78 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.96-201ENST00000363092 109 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 SNORA72.6-201ENST00000384520 129 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR1827-201ENST00000408549 66 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6ATAC33P-201ENST00000408647 126 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 AC067940.1-201ENST00000458411 300 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 SNORD92-201ENST00000585078 85 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR6082-201ENST00000613604 109 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.13-201ENST00000362403 112 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.42-201ENST00000362660 108 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-571P-201ENST00000384128 107 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.467-201ENST00000384297 102 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR938-201ENST00000401216 83 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-765P-201ENST00000516916 99 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNA5SP170-201ENST00000517150 101 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU7-156P-201ENST00000517214 74 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 AC019288.1-201ENST00000557918 224 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR4804-201ENST00000581683 73 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR1-1-201ENST00000362147 71 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RPS27-201ENST00000368567 350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-813P-201ENST00000384691 107 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.567-201ENST00000384736 106 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-644P-201ENST00000391155 98 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU7-61P-201ENST00000515897 61 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNA5SP480-201ENST00000516840 109 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.705-201ENST00000516862 110 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-1244P-201ENST00000363614 108 ntBASIC1.35□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR100-201ENST00000385259 80 ntBASIC1.35□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-977P-201ENST00000516411 103 ntBASIC1.35□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR26B-201ENST00000362251 77 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU1-124P-201ENST00000363861 145 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 Y_RNA.342-201ENST00000365352 113 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-364P-201ENST00000384387 107 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR200A-201ENST00000384875 90 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 BX276092.1-201ENST00000427368 251 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 FABP5P4-201ENST00000437203 171 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNA5SP404-201ENST00000517118 132 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 RNU6-86P-201ENST00000606534 107 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 MIR7974-201ENST00000615835 79 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
USP53Q70EK8 OMD-201ENST00000375550 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 MIR150-201ENST00000385048 84 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU6-972P-201ENST00000391208 107 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU7-56P-201ENST00000458744 62 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU6-850P-201ENST00000516934 103 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 AC013244.2-201ENST00000603396 103 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 MALAT1.1-201ENST00000618249 95 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 CEP162-202ENST00000403245 5156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.33□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 ZGRF1-208ENST00000505019 6652 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 SNORA25.8-201ENST00000364831 128 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 MIR488-201ENST00000365739 83 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU6-887P-201ENST00000410660 100 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU7-102P-201ENST00000458948 62 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 SNORD124-201ENST00000459577 104 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU6-1110P-201ENST00000516462 101 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 AC087277.2-201ENST00000533203 151 ntTSL 5 BASIC1.32□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNY4P30-201ENST00000410216 95 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 AP003327.1-201ENST00000529684 127 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 AC103810.7-201ENST00000607821 91 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 U7.3-201ENST00000616123 62 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 MIR6515-201ENST00000619843 57 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 C9orf84-201ENST00000318737 4661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC1.31□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 MIR101-2-201ENST00000362195 79 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 Y_RNA.43-201ENST00000362670 111 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU6-1125P-201ENST00000363601 107 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU6-480P-201ENST00000384332 107 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 MIR520F-201ENST00000384824 87 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 RNU1-119P-201ENST00000391122 165 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
USP53Q70EK8 ST7-OT3_3.1-201ENST00000611709 115 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 177.9 ms