Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

Predictions only

Length 892 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Sh3rf1Q69ZI1 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Sh3rf1Q69ZI1 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Sh3rf1Q69ZI1 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Sh3rf1Q69ZI1 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.9 ms