Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Col28a1Q2UY11 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col28a1Q2UY11 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col28a1Q2UY11 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Col28a1Q2UY11 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.9 ms