Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Usp4P35123 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp4P35123 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Usp4P35123 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Usp4P35123 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp4P35123 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Usp4P35123 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp4P35123 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp4P35123 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp4P35123 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Usp4P35123 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Usp4P35123 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Usp4P35123 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Usp4P35123 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Usp4P35123 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Usp4P35123 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Usp4P35123 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Usp4P35123 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.2 ms