Protein–RNA interactions for Protein: Q12129

NMD4, Nonsense-mediated decay protein 4, yeastyeast

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (RIP-Chip)
Gene UniProt Accession Gene Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score Detected Interaction
NMD4Q12129 YJL150WYJL150W 303 nt0.2□□□□□ -2.38
NMD4Q12129 YOR329W-AYOR329W-A 210 nt0.19□□□□□ -2.38
NMD4Q12129 RPM2YML091C 3609 nt0.19□□□□□ -2.38
NMD4Q12129 YHL015W-AYHL015W-A 84 nt0.17□□□□□ -2.38
NMD4Q12129 snR39BsnR39B 96 nt0.16□□□□□ -2.38
NMD4Q12129 snR48snR48 113 nt0.16□□□□□ -2.38
NMD4Q12129 EST1YLR233C 2100 nt0.13□□□□□ -2.39
NMD4Q12129 YOR102WYOR102W 351 nt0.11□□□□□ -2.39
NMD4Q12129 tL(UAA)QtL(UAA)Q 85 nt0.09□□□□□ -2.4
NMD4Q12129 YGR146C-AYGR146C-A 162 nt0.09□□□□□ -2.4
NMD4Q12129 SOV1YMR066W 2697 nt0.07□□□□□ -2.4
NMD4Q12129 YDL007C-AYDL007C-A 258 nt0.05□□□□□ -2.4
NMD4Q12129 YER078W-AYER078W-A 165 nt0.05□□□□□ -2.4
NMD4Q12129 THO2YNL139C 4794 nt0.04□□□□□ -2.4
NMD4Q12129 YJL077W-AYJL077W-A 87 nt0.02□□□□□ -2.41
NMD4Q12129 YNL067W-BYNL067W-B 141 nt0.02□□□□□ -2.41
NMD4Q12129 YNL198CYNL198C 303 nt0.02□□□□□ -2.41
NMD4Q12129 snR128snR128 126 nt0.01□□□□□ -2.41
NMD4Q12129 YLR466C-BYLR466C-B 117 nt0□□□□□ -2.41
NMD4Q12129 YGR151CYGR151C 336 nt-0.01□□□□□ -2.41
NMD4Q12129 snR69snR69 101 nt-0.03□□□□□ -2.41
NMD4Q12129 YBL053WYBL053W 375 nt-0.04□□□□□ -2.42
NMD4Q12129 PMP2YEL017C-A 132 nt-0.06□□□□□ -2.42
NMD4Q12129 YNL337WYNL337W 255 nt-0.06□□□□□ -2.42
NMD4Q12129 YGR164WYGR164W 336 nt-0.07□□□□□ -2.42
NMD4Q12129 tQ(UUG)QtQ(UUG)Q 76 nt-0.07□□□□□ -2.42
NMD4Q12129 YNL205CYNL205C 423 nt-0.07□□□□□ -2.42
NMD4Q12129 snR45snR45 172 nt-0.09□□□□□ -2.42
NMD4Q12129 YPL060C-AYPL060C-A 3315 nt-0.12□□□□□ -2.43
NMD4Q12129 RDS3YPR094W 324 nt-0.13□□□□□ -2.43
NMD4Q12129 YNL338WYNL338W 159 nt-0.14□□□□□ -2.43
NMD4Q12129 SEC10YLR166C 2616 nt-0.17□□□□□ -2.44
NMD4Q12129 tD(GUC)QtD(GUC)Q 75 nt-0.2□□□□□ -2.44
NMD4Q12129 YBR178WYBR178W 375 nt-0.22□□□□□ -2.44
NMD4Q12129 Q0032Q0032 291 nt-0.23□□□□□ -2.45
NMD4Q12129 SOM1YEL059C-A 225 nt-0.25□□□□□ -2.45
NMD4Q12129 YER090C-AYER090C-A 90 nt-0.26□□□□□ -2.45
NMD4Q12129 YNL266WYNL266W 420 nt-0.26□□□□□ -2.45
NMD4Q12129 YML100W-AYML100W-A 174 nt-0.27□□□□□ -2.45
NMD4Q12129 TFB5YDR079C-A 219 nt-0.28□□□□□ -2.45
NMD4Q12129 snR50snR50 90 nt-0.28□□□□□ -2.45
NMD4Q12129 SBH2YER019C-A 267 nt-0.29□□□□□ -2.46
NMD4Q12129 YLR286W-AYLR286W-A 135 nt-0.29□□□□□ -2.46
NMD4Q12129 YGL007C-AYGL007C-A 87 nt-0.3□□□□□ -2.46
NMD4Q12129 YCR095W-AYCR095W-A 159 nt-0.31□□□□□ -2.46
NMD4Q12129 YBR196C-AYBR196C-A 150 nt-0.31□□□□□ -2.46
NMD4Q12129 YDL159C-BYDL159C-B 177 nt-0.32□□□□□ -2.46
NMD4Q12129 YIL071W-AYIL071W-A 477 nt-0.35□□□□□ -2.47
NMD4Q12129 PAU9YBL108C-A 129 nt-0.4□□□□□ -2.47
NMD4Q12129 YLR299C-AYLR299C-A 93 nt-0.42□□□□□ -2.48
NMD4Q12129 YCL001W-BYCL001W-B 255 nt-0.43□□□□□ -2.48
NMD4Q12129 snR67snR67 82 nt-0.45□□□□□ -2.48
NMD4Q12129 tA(UGC)QtA(UGC)Q 76 nt-0.49□□□□□ -2.49
NMD4Q12129 YOR225WYOR225W 330 nt-0.5□□□□□ -2.49
NMD4Q12129 YJL113WYJL113W 4647 nt-0.5□□□□□ -2.49
NMD4Q12129 URB1YKL014C 5295 nt-0.51□□□□□ -2.49
NMD4Q12129 YLR294CYLR294C 330 nt-0.54□□□□□ -2.5
NMD4Q12129 YML054C-AYML054C-A 159 nt-0.64□□□□□ -2.51
NMD4Q12129 SKI7YOR076C 2244 nt-0.68□□□□□ -2.52
NMD4Q12129 YHR180C-BYHR180C-B 105 nt-0.69□□□□□ -2.52
NMD4Q12129 YOL083C-AYOL083C-A 141 nt-0.74□□□□□ -2.53
NMD4Q12129 YHL009W-BYHL009W-B 5409 nt-0.75□□□□□ -2.53
NMD4Q12129 YAL037C-AYAL037C-A 93 nt-0.82□□□□□ -2.54
NMD4Q12129 YBL071C-BYBL071C-B 99 nt-0.82□□□□□ -2.54
NMD4Q12129 YNL170WYNL170W 396 nt-0.83□□□□□ -2.54
NMD4Q12129 snR161snR161 161 nt-0.87□□□□□ -2.55
NMD4Q12129 snR81snR81 201 nt-0.9□□□□□ -2.55
NMD4Q12129 YOL164W-AYOL164W-A 183 nt-0.92□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 tT(UGU)G1tT(UGU)G1 72 nt-0.94□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 tT(UGU)G2tT(UGU)G2 72 nt-0.94□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 tT(UGU)PtT(UGU)P 72 nt-0.94□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 RPL41AYDL184C 78 nt-0.95□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 ATP8Q0080 147 nt-0.95□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 YBL100W-CYBL100W-C 120 nt-0.95□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 snR33snR33 183 nt-0.96□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 YBR296C-AYBR296C-A 120 nt-0.96□□□□□ -2.56
NMD4Q12129 YBR109W-AYBR109W-A 225 nt-0.98□□□□□ -2.57
NMD4Q12129 YNL103W-AYNL103W-A 90 nt-1□□□□□ -2.57
NMD4Q12129 YGL041C-BYGL041C-B 183 nt-1.02□□□□□ -2.57
NMD4Q12129 snR47snR47 99 nt-1.02□□□□□ -2.57
NMD4Q12129 snR61snR61 90 nt-1.03□□□□□ -2.57
NMD4Q12129 YGR240C-AYGR240C-A 201 nt-1.04□□□□□ -2.58
NMD4Q12129 YKL106C-AYKL106C-A 120 nt-1.1□□□□□ -2.59
NMD4Q12129 YOR376W-AYOR376W-A 156 nt-1.1□□□□□ -2.59
NMD4Q12129 snR38snR38 95 nt-1.13□□□□□ -2.59
NMD4Q12129 Q0092Q0092 141 nt-1.17□□□□□ -2.6
NMD4Q12129 YBR223W-AYBR223W-A 120 nt-1.21□□□□□ -2.6
NMD4Q12129 tS(GCU)Q1tS(GCU)Q1 86 nt-1.25□□□□□ -2.61
NMD4Q12129 YOR316C-AYOR316C-A 210 nt-1.26□□□□□ -2.61
NMD4Q12129 YNR077CYNR077C 255 nt-1.3□□□□□ -2.62
NMD4Q12129 tP(UGG)QtP(UGG)Q 72 nt-1.32□□□□□ -2.62
NMD4Q12129 YKL225WYKL225W 348 nt-1.34□□□□□ -2.62
NMD4Q12129 snR62snR62 100 nt-1.36□□□□□ -2.63
NMD4Q12129 YDR034C-AYDR034C-A 177 nt-1.36□□□□□ -2.63
NMD4Q12129 Q0143Q0143 153 nt-1.37□□□□□ -2.63
NMD4Q12129 snR77snR77 88 nt-1.38□□□□□ -2.63
NMD4Q12129 CDC65tQ(CUG)M 72 nt-1.39□□□□□ -2.63
NMD4Q12129 YMR315W-AYMR315W-A 108 nt-1.55□□□□□ -2.66
NMD4Q12129 YMR326CYMR326C 309 nt-1.55□□□□□ -2.66
NMD4Q12129 YHR217CYHR217C 462 nt-1.61□□□□□ -2.67
Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 7.5 ms