Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Lima1Q9ERG0 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Lima1Q9ERG0 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Lima1Q9ERG0 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Lima1Q9ERG0 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Lima1Q9ERG0 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Lima1Q9ERG0 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.3 ms