Protein–RNA interactions for Protein: Q8CDN8

Ccdc38, Coiled-coil domain-containing protein 38, mousemouse

Predictions only

Length 563 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc38Q8CDN8 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
Ccdc38Q8CDN8 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc38Q8CDN8 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
Ccdc38Q8CDN8 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC26.39■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Ccdc38Q8CDN8 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Ccdc38Q8CDN8 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ccdc38Q8CDN8 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc38Q8CDN8 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc38Q8CDN8 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Ccdc38Q8CDN8 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 143.9 ms