Protein–RNA interactions for Protein: P59708

Sf3b6, Splicing factor 3B subunit 6, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b6P59708 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Sf3b6P59708 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Sf3b6P59708 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Sf3b6P59708 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Sf3b6P59708 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Sf3b6P59708 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Sf3b6P59708 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b6P59708 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Sf3b6P59708 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Sf3b6P59708 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Sf3b6P59708 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Sf3b6P59708 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sf3b6P59708 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.9 ms