Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Sstr4-201ENSMUST00000109962 1424 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Kmt2b-201ENSMUST00000006470 8469 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Tuba3a-201ENSMUST00000088246 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gfi1-203ENSMUST00000159164 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt3-201ENSMUST00000025050 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Panx1-202ENSMUST00000164273 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13168-201ENSMUST00000121771 632 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Larp1-203ENSMUST00000178636 6617 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7860-201ENSMUST00000121190 879 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13830-204ENSMUST00000149609 1851 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Nrm-201ENSMUST00000074259 1466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Lbp-202ENSMUST00000109491 1322 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Sept7-202ENSMUST00000165594 2516 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Adpgk-201ENSMUST00000026266 2464 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Asap2-203ENSMUST00000090834 5097 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Taf4b-201ENSMUST00000169862 5149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Wnk2-210ENSMUST00000162403 6147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Ccdc3Q9D6Y1 Polg2-201ENSMUST00000021060 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.4 ms