Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Wnk2-211ENSMUST00000162581 6628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Tmtc1-201ENSMUST00000060095 8383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gon7-202ENSMUST00000179263 525 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Msantd1-203ENSMUST00000202205 744 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Tmtc1-202ENSMUST00000100772 8269 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Sec24b-201ENSMUST00000001079 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl32-201ENSMUST00000084781 2287 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Lypd3-201ENSMUST00000080718 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Rgs19-202ENSMUST00000108769 1460 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45015-201ENSMUST00000207943 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.6 ms