Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
Lima1Q9ERG0 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Lima1Q9ERG0 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Lima1Q9ERG0 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Lima1Q9ERG0 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Lima1Q9ERG0 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Lima1Q9ERG0 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Lima1Q9ERG0 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Lima1Q9ERG0 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Lima1Q9ERG0 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Lima1Q9ERG0 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Lima1Q9ERG0 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Lima1Q9ERG0 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Lima1Q9ERG0 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Lima1Q9ERG0 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Lima1Q9ERG0 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Lima1Q9ERG0 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Lima1Q9ERG0 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Lima1Q9ERG0 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Lima1Q9ERG0 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Lima1Q9ERG0 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Lima1Q9ERG0 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Lima1Q9ERG0 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Lima1Q9ERG0 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Lima1Q9ERG0 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Lima1Q9ERG0 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63.8 ms