Protein–RNA interactions for Protein: Q6P5D8

Smchd1, Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 2,007 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Smchd1Q6P5D8 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Smchd1Q6P5D8 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Smchd1Q6P5D8 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Smchd1Q6P5D8 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Smchd1Q6P5D8 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Smchd1Q6P5D8 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Smchd1Q6P5D8 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
Smchd1Q6P5D8 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Smchd1Q6P5D8 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Smchd1Q6P5D8 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Smchd1Q6P5D8 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Smchd1Q6P5D8 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Smchd1Q6P5D8 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Smchd1Q6P5D8 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Smchd1Q6P5D8 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Smchd1Q6P5D8 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Smchd1Q6P5D8 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Smchd1Q6P5D8 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Smchd1Q6P5D8 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.8 ms