Protein–RNA interactions for Protein: Q9CU62

Smc1a, Structural maintenance of chromosomes protein 1A, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Smc1aQ9CU62 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Smc1aQ9CU62 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Smc1aQ9CU62 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Smc1aQ9CU62 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Smc1aQ9CU62 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
Smc1aQ9CU62 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Smc1aQ9CU62 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Smc1aQ9CU62 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Smc1aQ9CU62 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Smc1aQ9CU62 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Smc1aQ9CU62 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Smc1aQ9CU62 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
Smc1aQ9CU62 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Smc1aQ9CU62 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Smc1aQ9CU62 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Smc1aQ9CU62 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Smc1aQ9CU62 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Smc1aQ9CU62 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Smc1aQ9CU62 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Smc1aQ9CU62 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Smc1aQ9CU62 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Smc1aQ9CU62 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Smc1aQ9CU62 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
Smc1aQ9CU62 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Smc1aQ9CU62 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Smc1aQ9CU62 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Smc1aQ9CU62 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Smc1aQ9CU62 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Smc1aQ9CU62 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Smc1aQ9CU62 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smc1aQ9CU62 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Smc1aQ9CU62 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Smc1aQ9CU62 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Smc1aQ9CU62 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Smc1aQ9CU62 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Smc1aQ9CU62 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Smc1aQ9CU62 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Smc1aQ9CU62 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Smc1aQ9CU62 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Smc1aQ9CU62 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
Smc1aQ9CU62 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Smc1aQ9CU62 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Smc1aQ9CU62 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Smc1aQ9CU62 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Smc1aQ9CU62 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Smc1aQ9CU62 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Smc1aQ9CU62 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Smc1aQ9CU62 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Smc1aQ9CU62 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
Smc1aQ9CU62 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Smc1aQ9CU62 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
Smc1aQ9CU62 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
Smc1aQ9CU62 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Smc1aQ9CU62 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms