Protein–RNA interactions for Protein: Q5R1I8

Trav3-1, T cell receptor alpha variable 3-1 (Fragment), mousemouse

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trav3-1Q5R1I8 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Trav3-1Q5R1I8 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trav3-1Q5R1I8 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trav3-1Q5R1I8 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Trav3-1Q5R1I8 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trav3-1Q5R1I8 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trav3-1Q5R1I8 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trav3-1Q5R1I8 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trav3-1Q5R1I8 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trav3-1Q5R1I8 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Trav3-1Q5R1I8 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trav3-1Q5R1I8 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trav3-1Q5R1I8 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Trav3-1Q5R1I8 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Trav3-1Q5R1I8 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Trav3-1Q5R1I8 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Trav3-1Q5R1I8 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trav3-1Q5R1I8 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trav3-1Q5R1I8 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Trav3-1Q5R1I8 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Trav3-1Q5R1I8 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Trav3-1Q5R1I8 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Trav3-1Q5R1I8 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trav3-1Q5R1I8 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trav3-1Q5R1I8 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Trav3-1Q5R1I8 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Trav3-1Q5R1I8 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Trav3-1Q5R1I8 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Trav3-1Q5R1I8 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Trav3-1Q5R1I8 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Trav3-1Q5R1I8 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Trav3-1Q5R1I8 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Trav3-1Q5R1I8 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Trav3-1Q5R1I8 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Trav3-1Q5R1I8 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Trav3-1Q5R1I8 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Trav3-1Q5R1I8 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.8 ms