Protein–RNA interactions for Protein: O54879

Hmgb3, High mobility group protein B3, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hmgb3O54879 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Hmgb3O54879 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Hmgb3O54879 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Hmgb3O54879 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Hmgb3O54879 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Hmgb3O54879 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Hmgb3O54879 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Hmgb3O54879 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Hmgb3O54879 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Hmgb3O54879 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Hmgb3O54879 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Hmgb3O54879 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Hmgb3O54879 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Hmgb3O54879 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Hmgb3O54879 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Hmgb3O54879 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Hmgb3O54879 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Hmgb3O54879 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Hmgb3O54879 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Hmgb3O54879 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Hmgb3O54879 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Hmgb3O54879 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Hmgb3O54879 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Hmgb3O54879 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Hmgb3O54879 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Hmgb3O54879 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Hmgb3O54879 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Hmgb3O54879 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Hmgb3O54879 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Hmgb3O54879 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Hmgb3O54879 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hmgb3O54879 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hmgb3O54879 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgb3O54879 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Hmgb3O54879 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Hmgb3O54879 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Hmgb3O54879 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgb3O54879 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgb3O54879 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Hmgb3O54879 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Hmgb3O54879 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Hmgb3O54879 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Hmgb3O54879 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Hmgb3O54879 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Hmgb3O54879 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Hmgb3O54879 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Hmgb3O54879 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Hmgb3O54879 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Hmgb3O54879 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Hmgb3O54879 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Hmgb3O54879 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Hmgb3O54879 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Hmgb3O54879 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Hmgb3O54879 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
Hmgb3O54879 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Hmgb3O54879 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Hmgb3O54879 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Hmgb3O54879 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Hmgb3O54879 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Hmgb3O54879 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
Hmgb3O54879 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Hmgb3O54879 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Hmgb3O54879 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
Hmgb3O54879 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Hmgb3O54879 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Hmgb3O54879 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Hmgb3O54879 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Hmgb3O54879 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Hmgb3O54879 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Hmgb3O54879 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Hmgb3O54879 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.9 ms