Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Sf3b1Q99NB9 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Sf3b1Q99NB9 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Sf3b1Q99NB9 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Sf3b1Q99NB9 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Sf3b1Q99NB9 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Sf3b1Q99NB9 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sf3b1Q99NB9 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sf3b1Q99NB9 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Sf3b1Q99NB9 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.8 ms