Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Ccdc3Q9D6Y1 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Ccdc3Q9D6Y1 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Ccdc3Q9D6Y1 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.6 ms