Protein–RNA interactions for Protein: B9EHT4

Clip3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clip3B9EHT4 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Clip3B9EHT4 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Clip3B9EHT4 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Clip3B9EHT4 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Clip3B9EHT4 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms