Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Lmx1aQ9JKU8 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
Lmx1aQ9JKU8 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Lmx1aQ9JKU8 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Lmx1aQ9JKU8 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Lmx1aQ9JKU8 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Lmx1aQ9JKU8 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 111 ms