Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Cacna1bO55017 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Cacna1bO55017 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Cacna1bO55017 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cacna1bO55017 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cacna1bO55017 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Cacna1bO55017 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Cacna1bO55017 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Cacna1bO55017 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Cacna1bO55017 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Cacna1bO55017 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Cacna1bO55017 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Cacna1bO55017 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Cacna1bO55017 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms