Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Vps28Q9D1C8 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Vps28Q9D1C8 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Vps28Q9D1C8 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Vps28Q9D1C8 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 62 ms