Protein–RNA interactions for Protein: P09027

Hoxd3, Homeobox protein Hox-D3, mousemouse

Predictions only

Length 433 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd3P09027 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Hoxd3P09027 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Hoxd3P09027 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Hoxd3P09027 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Hoxd3P09027 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Hoxd3P09027 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Hoxd3P09027 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Hoxd3P09027 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Hoxd3P09027 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Hoxd3P09027 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.1 ms