Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
Scn4aQ9ER60 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
Scn4aQ9ER60 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC33.34■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Scn4aQ9ER60 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC33.3■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC33.3■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC33.26■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC33.26■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
Scn4aQ9ER60 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC33.24■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
Scn4aQ9ER60 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC33.16■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Scn4aQ9ER60 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC33.13■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC33.09■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.89
Scn4aQ9ER60 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC33.04■■■□□ 2.88
Scn4aQ9ER60 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 81.8 ms