Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Col28a1Q2UY11 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col28a1Q2UY11 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col28a1Q2UY11 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Col28a1Q2UY11 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Col28a1Q2UY11 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Col28a1Q2UY11 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Col28a1Q2UY11 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Col28a1Q2UY11 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Col28a1Q2UY11 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 92.1 ms