RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561668.5

PKD1-223, Transcript of polycystin 1, transient receptor potential channel interacting, human

TSL 3

Gene PKD1, Length 665 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PKD1-223	ENST00000561668	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	CDKL5	O76039	1030 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	DEXI	O95424	95 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	CYP2C9	P11712	490 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF76	P36508	570 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	MFSD10	Q14728	455 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	KIAA0753	Q2KHM9	967 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	C9orf50	Q5SZB4	431 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	BICD2	Q8TD16	824 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	PPP1R13L	Q8WUF5	828 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	KAT2B	Q92831	832 aa		21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	21.35	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF286B	P0CG31	522 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	CCL23	P55773	120 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	ST3GAL1	Q11201	340 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	BFSP2	Q13515	415 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	GPR153	Q6NV75	609 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	SESTD1	Q86VW0	696 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	ANO3	Q9BYT9	981 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	JADE2	Q9NQC1	790 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	UBIAD1	Q9Y5Z9	338 aa		21.34	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668		H3BRB1	525 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	PPFIA3	O75145	1194 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	F2	P00734	622 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	ITGB5	P18084	799 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	EPHB4	P54760	987 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	SP4	Q02446	784 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	JAKMIP3	Q5VZ66	844 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	BCAS3	Q9H6U6	928 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	IL23A	Q9NPF7	189 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	TMEM260	Q9NX78	707 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	HDAC6	Q9UBN7	1215 aa		21.33	■■□□□ 1.01
PKD1-223	ENST00000561668	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	21.33	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	FGB	P02675	491 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	ACR	P10323	421 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SEMA3F	Q13275	785 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	REXO1	Q8N1G1	1221 aa	Known RBP	21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	NECAB1	Q8N987	351 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	PGBD1	Q96JS3	809 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	MXRA8	Q9BRK3	442 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SCN10A	Q9Y5Y9	1956 aa		21.32	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	HAS3	O00219	553 aa		21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	NLRP5	P59047	1200 aa		21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	CEP55	Q53EZ4	464 aa		21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	CRYGN	Q8WXF5	182 aa		21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	GPR20	Q99678	358 aa		21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	21.31	■■□□□ 1	3e-6	■■■□□ 14.6
PKD1-223	ENST00000561668	C16orf70	Q9BSU1	422 aa		21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	PKD2L1	Q9P0L9	805 aa		21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	21.31	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	PITPNM1	O00562	1244 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	ATP9A	O75110	1047 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	LGALS2	P05162	132 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SREBF1	P36956	1147 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	TMEM240	Q5SV17	173 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	UTP14C	Q5TAP6	766 aa	Known RBP	21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF365	Q70YC5	407 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SEPT1	Q8WYJ6	367 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SDF4	Q9BRK5	362 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	KCNH7	Q9NS40	1196 aa		21.3	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	ST18	O60284	1047 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	GNAT1	P11488	350 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	KCNA2	P16389	499 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	ARHGAP4	P98171	946 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	NPY5R	Q15761	445 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	GALNT17	Q6IS24	598 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	C16orf59	Q7L2K0	433 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	CAGE1	Q8TC20	777 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SCLY	Q96I15	445 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	VPS54	Q9P1Q0	977 aa		21.29	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668		M0R2N6	131 aa		21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	ADAMTS3	O15072	1205 aa		21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	PFKM	P08237	780 aa		21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	RFC2	P35250	354 aa		21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	MCM2	P49736	904 aa		21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	DEFB123	Q8N688	67 aa		21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		21.28	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	C17orf102	A2RUQ5	167 aa		21.27	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	MEIS1	O00470	390 aa		21.27	■■□□□ 1
PKD1-223	ENST00000561668	IQCF3	P0C7M6	154 aa		21.27	■■□□□ 1

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.6 ms