RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	27.79	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	DUSP28	Q4G0W2	176 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	HABP4	Q5JVS0	413 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	GLT1D1	Q96MS3	346 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	GCOM1	H8Y6P7	765 aa	Predicted RBP	27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	CTAGE5	O15320	804 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	ZBTB43	O43298	467 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	POLR2M	P0CAP2	368 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	GHRHR	Q02643	423 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP2R5B	Q15173	497 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	FSCN1	Q16658	493 aa	Known RBP	27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	SCFD2	Q8WU76	684 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	VTI1A	Q96AJ9	217 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	IWS1	Q96ST2	819 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	PXMP2	Q9NR77	195 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	MAP3K20	Q9NYL2	800 aa	Known RBP	27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	PRKAG2	Q9UGJ0	569 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146		Q9Y3F1	56 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	KLF18	A0A0U1RQI7	1052 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	RBM47	A0AV96	593 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	NKX3-2	P78367	333 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	C1orf53	Q5VUE5	145 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	PCDH10	Q9P2E7	1040 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	27.76	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	STXBP2	Q15833	593 aa		27.76	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	RTN1	Q16799	776 aa		27.76	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	PRDM5	Q9NQX1	630 aa	Predicted RBP	27.76	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	27.76	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	ZEB2	O60315	1214 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	PSMA5	P28066	241 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	MAGEA10	P43363	369 aa	Predicted RBP	27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	SEPT14	Q6ZU15	432 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146		Q6ZUG5	572 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	OR6J1	Q8NGC5	347 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	hCG_1642624	A0A1W2PR95	340 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	PQBP1	O60828	265 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	NR3C2	P08235	984 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	TLE2	Q04725	743 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	TTLL4	Q14679	1199 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	CXCL17	Q6UXB2	119 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	ELP1	O95163	1332 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	TXN	P10599	105 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	RPS6KB1	P23443	525 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	BRF1	Q92994	677 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	GDF15	Q99988	308 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	PDCD2L	Q9BRP1	358 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	USP26	Q9BXU7	913 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	PRO3102	Q9H379	93 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	MYCL	P12524	364 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	MDM2	Q00987	491 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	APOBR	Q0VD83	1088 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	COPS5	Q92905	334 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	CUL5	Q93034	780 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	LBHD1	Q9BQE6	289 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	27.71	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	EIF3J	O75822	258 aa	Known RBP	27.71	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	ARIH2	O95376	493 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CPNE1-223	ENST00000475146	CABYR	O75952	493 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CLTB	P09497	229 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CPT1A	P50416	773 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	RCAN1	P53805	252 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	PGM5	Q15124	567 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	IL31RA	Q8NI17	732 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	27.69	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	27.69	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	MROH7	Q68CQ1	1323 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	ARVCF	O00192	962 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	MYL3	P08590	195 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CDC27	P30260	824 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CCND2	P30279	289 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC62	Q6P9F0	684 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD33	Q7Z3H0	272 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	UBE2O	Q9C0C9	1292 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	BMP8B	P34820	402 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	LY6K	Q17RY6	165 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	RUFY3	Q7L099	469 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	VSIG10L	Q86VR7	867 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	TOX2	Q96NM4	488 aa		27.67	■■■□□ 2.02

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