RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	28.59	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	FLT3LG	P49771	235 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA1755	Q5JYT7	1200 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	RAD21	O60216	631 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	ERVK-9	P63128	1117 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	ERVK-24	P63145	666 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	GREB1L	Q9C091	1923 aa	Predicted RBP	28.58	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	GRK4	P32298	578 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	28.57	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	28.57	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	GOPC	Q9HD26	462 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	HIP1	O00291	1037 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	ALX1	Q15699	326 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	TTC22	Q5TAA0	569 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	BIN2	Q9UBW5	565 aa	Predicted RBP	28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	RABGAP1	Q9Y3P9	1069 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	SPDYE16	A6NNV3	312 aa	Predicted RBP	28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR46	O15213	610 aa	Known RBP	28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	TSPY3	P0CV98	308 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	TSPY8	P0CW00	308 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146		Q3C1V9	767 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	HTT	P42858	3142 aa		28.54	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	ADCY3	O60266	1144 aa		28.54	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	COG2	Q14746	738 aa		28.54	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	LBX2	Q6XYB7	198 aa		28.54	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	28.54	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	NYAP2	Q9P242	653 aa		28.54	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	POTEF	A5A3E0	1075 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CNMD	O75829	334 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	FLOT1	O75955	427 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	FGA	P02671	866 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	MAPK4	P31152	587 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CCNA1	P78396	465 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	TFAP4	Q01664	338 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	IRF5	Q13568	498 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM47A	Q5JRC9	791 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CEP95	Q96GE4	821 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	PORCN	Q9H237	461 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXC10	Q9NYD6	342 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	PLIN4	Q96Q06	1357 aa		28.52	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	DOCK3	Q8IZD9	2030 aa		28.52	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	NEDD1	Q8NHV4	660 aa		28.52	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		28.52	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	ANAPC4	Q9UJX5	808 aa		28.52	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX52	Q9Y2R4	599 aa	Known RBP eCLIP	28.52	■■■□□ 2.16
CPNE1-223	ENST00000475146	ZMYM6	O95789	1325 aa		28.51	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	ELN	P15502	786 aa		28.51	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	INCENP	Q9NQS7	918 aa		28.51	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	BTBD7	Q9P203	1132 aa		28.51	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	TSPY2	A6NKD2	308 aa		28.5	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	UBXN2A	P68543	259 aa		28.5	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR78	Q5VTH9	848 aa		28.5	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	TOMM22	Q9NS69	142 aa		28.5	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	MTMR4	Q9NYA4	1195 aa		28.5	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	TTLL1	O95922	423 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	DSG3	P32926	999 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	HAND2	P61296	217 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	MTFR1	Q15390	333 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM83B	Q5T0W9	1011 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	GPR142	Q7Z601	462 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	PXYLP1	Q8TE99	480 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	SOCS4	Q8WXH5	440 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	ATG4C	Q96DT6	458 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	GJD2	Q9UKL4	321 aa		28.49	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	28.48	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	PLEKHH3	Q7Z736	793 aa		28.48	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	LRRC47	Q8N1G4	583 aa	Known RBP	28.48	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		28.48	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	MYH4	Q9Y623	1939 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146		F5H6K3	240 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	NDUFB10	O96000	172 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	KLRC3	Q07444	240 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	MB21D1	Q8N884	522 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	NUP88	Q99567	741 aa	Predicted RBP	28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	FBXO28	Q9NVF7	368 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA0100	Q14667	2235 aa	Known RBP	28.46	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	RLF	Q13129	1914 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	ORC4	O43929	436 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	INHA	P05111	366 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2B6	P20813	491 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	PLS1	Q14651	629 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A0G2JMZ2	1700 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CPNE1-223	ENST00000475146	CCL5	P13501	91 aa		28.45	■■■□□ 2.14
CPNE1-223	ENST00000475146	EN2	P19622	333 aa	Predicted RBP	28.45	■■■□□ 2.14
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		28.45	■■■□□ 2.14

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