RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PAPPA-AS1	Q5QFB9	102 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP4-213	ENST00000488520	LINC00269	Q8N2A0	174 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP4-213	ENST00000488520		Q8N976	141 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP4-213	ENST00000488520	C20orf203	Q8NBC4	194 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP4-213	ENST00000488520	C18orf32	Q8TCD1	76 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP4-213	ENST00000488520		Q9HAA7	133 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP4-213	ENST00000488520	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	C1orf196	B1AJZ1	125 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	FOXI1	Q12951	378 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	C2orf66	Q6UXQ4	117 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZN92	141 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	ZNF664	Q8N3J9	261 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	SPANXA1	Q9NS26	97 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	IGKV2D-24	A0A075B6R9	120 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	HSBP1	O75506	76 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	REG3A	Q06141	175 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	SS18	Q15532	418 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	MIA	Q16674	131 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	MRPL52	Q86TS9	123 aa	Known RBP	5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	CHCHD1	Q96BP2	118 aa	Known RBP	5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	TIMM21	Q9BVV7	248 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	C1orf43	Q9BWL3	253 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	VCX2	Q9H322	139 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	5.82	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	IGLV4-60	A0A075B6I1	120 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	CCL25	O15444	150 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	TOMM6	Q96B49	74 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	TMEM141	Q96I45	108 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	CDC42SE2	Q9NRR3	84 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	UBE2D4	Q9Y2X8	147 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	LINC01546	A6NGU7	62 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	BORCS8-MEF2B	H3BNR1	382 aa	Predicted RBP	5.8	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	CLPSL2	Q6UWE3	100 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	ERAS	Q7Z444	233 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	HBD	P02042	147 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	NPS	P0C0P6	89 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	NDUFA6	P56556	154 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	5.79	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	ENHO	Q6UWT2	76 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	TEX43	Q6ZNM6	134 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	IGLV10-54	A0A075B6I4	117 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	IGLV5-52	A0A0A0MRZ9	124 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	TRAV13-1	A0A0B4J241	112 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	IFITM10	A6NMD0	228 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	ATP5L	O75964	103 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	S100A6	P06703	90 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	CFAP161	Q6P656	301 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	TIMM17A	Q99595	171 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	PRR34	Q9NV39	138 aa		5.78	□□□□□ -1.48
USP4-213	ENST00000488520	LINC00959	A0A1B0GUT2	108 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BK	O60814	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	SERF1A	O75920	110 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BJ	P06899	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	PRSS1	P07477	247 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BO	P23527	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BB	P33778	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BD	P58876	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BC	P62807	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	SEC11A	P67812	179 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H2BE	Q16778	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	RNASE13	Q5GAN3	156 aa	Known RBP	5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H2BF	Q5QNW6	126 aa	Predicted RBP	5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BH	Q93079	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BN	Q99877	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2BM	Q99879	126 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	DNAH8	Q96JB1	4490 aa		5.77	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	IGIP	A6NJ69	53 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	LEPROTL1	O95214	131 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	MAL	P21145	153 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	XCL1	P47992	114 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	PMCHL1	Q16048	86 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZUT4	128 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	FAM19A2	Q8N3H0	131 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	CHCHD10	Q8WYQ3	142 aa	Predicted RBP	5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HSPB8	Q9UJY1	196 aa		5.76	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	FABP4	P15090	132 aa		5.75	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	PMVK	Q15126	192 aa		5.75	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	C14orf177	Q52M58	125 aa		5.75	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	CD164L2	Q6UWJ8	174 aa		5.75	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	BAALC	Q8WXS3	180 aa		5.75	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	URB1-AS1	Q96HZ7	61 aa		5.75	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	GEMIN7	Q9H840	131 aa	Known RBP	5.75	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	LRCOL1	A6NCL2	159 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP29-1	A8MX34	341 aa	Predicted RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	APOM	O95445	188 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	S100A2	P29034	98 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	PDZD11	Q5EBL8	140 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	IFI27L1	Q96BM0	104 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	MAP1LC3C	Q9BXW4	147 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	COX7A2L	O14548	114 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP4-213	ENST00000488520	HERVK_113	P63121	156 aa		5.73	□□□□□ -1.49

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