RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	PLCG2	P16885	1265 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	GTF2A2	P52657	109 aa		28.04	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	OTUD5	Q96G74	571 aa		28.04	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	OTOF	Q9HC10	1997 aa		28.04	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	CASP8AP2	Q9UKL3	1982 aa		28.04	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	AK9	Q5TCS8	1911 aa		28.04	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	PPP4C	P60510	307 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	28.03	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	28.03	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	CNKSR2	Q8WXI2	1034 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	INPP5B	P32019	993 aa		28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	TEX11	Q8IYF3	940 aa		28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	PPIL4	Q8WUA2	492 aa	Known RBP eCLIP	28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	BCL11A	Q9H165	835 aa		28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	28.02	■■■□□ 2.08
PTPN4-208	ENST00000460289	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	28.01	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP3K10	Q02779	954 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	PPAT	Q06203	517 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP3K12	Q12852	859 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	28.01	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	GPR25	O00155	361 aa		28	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		28	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	CCL15-CCL14	A0A0B4J2E2	113 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	CYP7A1	P22680	504 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	PPIL2	Q13356	520 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	DGKZ	Q13574	1117 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	CCL15	Q16663	113 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	NOL9	Q5SY16	702 aa	Known RBP	27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	CERS3	Q8IU89	383 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	PTPN18	Q99952	460 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	OSBPL5	Q9H0X9	879 aa	Predicted RBP	27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	TBC1D12	O60347	775 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	CAPN15	O75808	1086 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	CETP	P11597	493 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	SNAPC2	Q13487	334 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	ABHD8	Q96I13	439 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	DCTPP1	Q9H773	170 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	LAMB1	P07942	1786 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	IRF6	O14896	467 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	BRI3BP	Q8WY22	251 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	27.96	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		27.96	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	27.95	■■■□□ 2.07
PTPN4-208	ENST00000460289	FKTN	O75072	461 aa		27.95	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	CTU1	Q7Z7A3	348 aa	Known RBP	27.95	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		27.95	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	TGFBRAP1	Q8WUH2	860 aa		27.95	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		27.95	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	ATP5J	P18859	108 aa		27.94	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	27.94	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	PICK1	Q9NRD5	415 aa		27.94	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		27.93	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	DOCK2	Q92608	1830 aa		27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	GOLIM4	O00461	696 aa		27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	CRHR2	Q13324	411 aa		27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		27.92	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	MAPKAPK5	Q8IW41	473 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	FLT1	P17948	1338 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	CXCL11	O14625	94 aa		27.9	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	PTPRA	P18433	802 aa		27.9	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	27.9	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		27.9	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		27.9	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	SLURP2	P0DP57	97 aa		27.89	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	27.89	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	27.89	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	CRBN	Q96SW2	442 aa		27.89	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	HAUS7	Q99871	368 aa		27.89	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	ZHX2	Q9Y6X8	837 aa		27.89	■■■□□ 2.06
PTPN4-208	ENST00000460289	BTBD19	C9JJ37	291 aa		27.88	■■■□□ 2.05

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