RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	28.44	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	28.44	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	POLA2	Q14181	598 aa		28.44	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	TEKT1	Q969V4	418 aa		28.44	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		28.44	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	TNFAIP1	Q13829	316 aa		28.43	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC102B	Q68D86	513 aa		28.43	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		28.43	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	ADORA1	P30542	326 aa		28.42	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	PHKA1	P46020	1223 aa		28.42	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		28.42	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	28.42	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF70	Q9UC06	446 aa	Predicted RBP	28.42	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	SUPT20HL1	Q3ZLR7	823 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	XAGE2	Q96GT9	111 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	PAPPA2	Q9BXP8	1791 aa		28.41	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	28.4	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		28.4	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	28.4	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	HHIPL2	Q6UWX4	724 aa		28.4	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	MOB2	Q70IA6	237 aa		28.4	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	AOX1	Q06278	1338 aa		28.4	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	28.39	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC10A3	P09131	477 aa		28.39	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	RASA3	Q14644	834 aa		28.39	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	ZDHHC15	Q96MV8	337 aa		28.39	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		28.39	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		28.39	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	28.38	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	GORAB	Q5T7V8	394 aa		28.38	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	28.38	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	CA12	O43570	354 aa		28.37	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	28.37	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	TNNI2	P48788	182 aa		28.37	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	28.37	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		28.37	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		28.37	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	28.36	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	PRKG1	Q13976	671 aa		28.36	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	28.36	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	GPR108	Q9NPR9	543 aa		28.36	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	28.36	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	28.36	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	28.36	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	28.35	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	CEP85	Q6P2H3	762 aa		28.35	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	28.35	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	ZIC5	Q96T25	663 aa		28.35	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	TMOD2	Q9NZR1	351 aa		28.35	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	28.35	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		28.34	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	LBX1	P52954	281 aa		28.34	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	RASGRF1	Q13972	1273 aa		28.34	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	28.34	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		28.34	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	COG6	Q9Y2V7	657 aa		28.34	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		28.33	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	28.33	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	PRDX5	P30044	214 aa		28.33	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP3K11	Q16584	847 aa		28.33	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		28.33	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	28.33	■■■□□ 2.13
PTPN4-208	ENST00000460289	UNCX	A6NJT0	531 aa		28.32	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		28.32	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	28.32	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	28.3	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	PDE3A	Q14432	1141 aa		28.3	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	TNNI3K	Q59H18	835 aa		28.3	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	28.3	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCF2	Q9UG63	623 aa		28.3	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		28.3	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM83A	Q86UY5	434 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	SLF2	Q8IX21	1173 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	CSRNP1	Q96S65	589 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		28.29	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	IFFO2	Q5TF58	517 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	TNS4	Q8IZW8	715 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	SPATA5	Q8NB90	893 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	TEPSIN	Q96N21	525 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	TMEM39B	Q9GZU3	492 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	FZD1	Q9UP38	647 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	28.27	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	CACNB3	P54284	484 aa		28.27	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		28.27	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	28.27	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		28.27	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		28.27	■■■□□ 2.12
PTPN4-208	ENST00000460289	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		28.26	■■■□□ 2.11

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