RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000450966.5

USP40-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC

Gene USP40, Length 5,616 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-208	ENST00000450966	APOM	O95445	188 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	OTX1	P32242	354 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	FUT6	P51993	359 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	GNB2	P62879	340 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TBC1D26	Q86UD7	250 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	GBGT1	Q8N5D6	347 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TMEM252	Q8N6L7	170 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	COPS9	Q8WXC6	57 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	ZNF799	Q96GE5	643 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	S1PR3	Q99500	378 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	MFRP	Q9BY79	579 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966		A8MWL6	223 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SP1	P08047	785 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	AREG	P15514	252 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	UBE2L3	P68036	154 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	ZNF816	Q0VGE8	651 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	OTP	Q5XKR4	325 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	RBFOX2	O43251	390 aa	Known RBP eCLIP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	CLDN18	P56856	261 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TTC9C	Q8N5M4	171 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	KLK13	Q9UKR3	277 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	NKX2-6	A6NCS4	301 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	MPZL1	O95297	269 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	DSCR4	P56555	118 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	FUT5	Q11128	374 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	KISS1	Q15726	138 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SLC36A1	Q7Z2H8	476 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	OR10X1	Q8NGY0	326 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	WBP2	Q969T9	261 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	COMMD5	Q9GZQ3	224 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	F11R	Q9Y624	299 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966		M0R1B8	84 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	OR4A8	P0C604	315 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SMIM17	P0DL12	118 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SLC35B1	P78383	322 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	PSG5	Q15238	335 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	UNQ5815/PRO19632	Q6UWF5	114 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	C5orf17	Q8NAS9	161 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	AAMDC	Q9H7C9	122 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	ST6GALNAC2	Q9UJ37	374 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	GPR132	Q9UNW8	380 aa		11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	KLF2	Q9Y5W3	355 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966		A0A1W2PR48	441 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	COL8A1	P27658	744 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	RUNX1	Q01196	453 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SRSF4	Q08170	494 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TMEM45B	Q96B21	275 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	EMC6	Q9BV81	110 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	NRN1	Q9NPD7	142 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	IGHV1OR21-1	A0A087WYE8	117 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TSPAN7	P41732	249 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	ZNF121	P58317	390 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	IGFBP7	Q16270	282 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	ZNF766	Q5HY98	468 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	OXGR1	Q96P68	337 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	GDF15	Q99988	308 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	IGHV1-69-2	A0A0G2JMI3	117 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	RAB9A	P51151	201 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	LSM6	P62312	80 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SF3B6	Q9Y3B4	125 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	RNPS1	Q15287	305 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	MRPL16	Q9NX20	251 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	DTX4	Q9Y2E6	619 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	NIN	Q8N4C6	2090 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966		A0A0G2JMM0	328 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966		A0A1W2PPB8	328 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	KIR3DP1	A8MWS1	328 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	PPIAL4D	F5H284	164 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	PSG1	P11464	419 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	MAS1L	P35410	378 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	DOLPP1	Q86YN1	238 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	ZDHHC19	Q8WVZ1	309 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	LSM10	Q969L4	123 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SPACA9	Q96E40	222 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	SDF2L1	Q9HCN8	221 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	GLRX2	Q9NS18	164 aa		11.61	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TRBV24-1	A0A075B6N3	115 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	CEACAM1	P13688	526 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	P2RY6	Q15077	328 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TMEM215	Q68D42	235 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	PATE1	Q8WXA2	126 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	RDH5	Q92781	318 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	C8orf44	Q96CB5	159 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	MRM2	Q9UI43	246 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	CHTOP	Q9Y3Y2	248 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TRAV8-2	A0A0B4J237	113 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966		A0A0B4J2E0	115 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966		A0A1B0GX12	115 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	RNF222	A6NCQ9	220 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	RAMP1	O60894	148 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TFF2	Q03403	129 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	TWIST1	Q15672	202 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	GUSBP11	Q6P575	273 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP40-208	ENST00000450966	PDPN	Q86YL7	162 aa		11.6	□□□□□ -0.55

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