RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	TPCN1	Q9ULQ1	816 aa		9.82	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	LAMA4	Q16363	1823 aa		9.82	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	C4B	P0C0L5	1744 aa		9.82	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CASZ1	Q86V15	1759 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501		H3BQV1	296 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501		M0R2C6	588 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CPA1	P15085	419 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	KRT85	P78386	507 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CHRND	Q07001	517 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PKP1	Q13835	747 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ERFE	Q4G0M1	354 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	IFFO2	Q5TF58	517 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	OSBP2	Q969R2	916 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ZSCAN16	Q9H4T2	348 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		9.81	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	FSD2	A1L4K1	749 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PFKFB2	O60825	505 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CDKL5	O76039	1030 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PDE6A	P16499	860 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PHKA1	P46020	1223 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF445	P59923	1031 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	SART3	Q15020	963 aa	Known RBP	9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ALX1	Q15699	326 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	RGS22	Q8NE09	1264 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	BRF1	Q92994	677 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	SCAND2P	Q9GZW5	306 aa	Predicted RBP	9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		9.8	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501		A0A1B0GUL6	1792 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ZBTB22	O15209	634 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	FGA	P02671	866 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	HSPA1L	P34931	641 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	NT5C2	P49902	561 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	UBE2H	P62256	183 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ST5	P78524	1137 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	SCARF1	Q14162	830 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ATL3	Q6DD88	541 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	TMEM87B	Q96K49	555 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	KRT23	Q9C075	422 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	NAPB	Q9H115	298 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	GRPEL1	Q9HAV7	217 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CFAP45	Q9UL16	551 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	C4A	P0C0L4	1744 aa		9.79	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ERICH2	A1L162	156 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CPLX1	O14810	134 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	STK3	Q13188	491 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	RASGRF1	Q13972	1273 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CERS3	Q8IU89	383 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	NECAB1	Q8N987	351 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	CNBD1	Q8NA66	436 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	MTA3	Q9BTC8	594 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	MTMR6	Q9Y217	621 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	ELP1	O95163	1332 aa		9.78	□□□□□ -0.84
PNKP-231	ENST00000640501	PRC1	O43663	620 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	LARGE1	O95461	756 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	TDO2	P48775	406 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	EVC	P57679	992 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	TMTC2	Q8N394	836 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	RAI14	Q9P0K7	980 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		9.77	□□□□□ -0.85
PNKP-231	ENST00000640501	CHD4	Q14839	1912 aa		9.77	□□□□□ -0.85

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