RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493618.5

ATG4B-223, Transcript of autophagy related 4B cysteine peptidase, human

TSL 5

Gene ATG4B, Length 899 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4B-223	ENST00000493618	PSMD14	O00487	310 aa		18.78	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	ECE2	O60344	883 aa		18.78	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	UFL1	O94874	794 aa		18.78	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	EYA3	Q99504	573 aa		18.78	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		18.78	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	18.78	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		18.77	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	CTSW	P56202	376 aa		18.77	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	18.77	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	WDR63	Q8IWG1	891 aa		18.77	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		18.77	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	18.77	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	18.77	■□□□□ 0.6
ATG4B-223	ENST00000493618	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	18.76	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	FLII	Q13045	1269 aa		18.76	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		18.76	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	MICALL2	Q8IY33	904 aa		18.76	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	GGA1	Q9UJY5	639 aa		18.76	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	VAMP4	O75379	141 aa		18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	GREM2	Q9H772	168 aa		18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	RTL9	Q8NET4	1388 aa		18.75	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	RASSF10	A6NK89	507 aa		18.74	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618		G3V3G9	751 aa		18.74	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618		H7C1D1	291 aa		18.74	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		18.74	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	CST9	Q5W186	159 aa		18.74	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		18.74	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		18.74	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618		H7C1W4	665 aa		18.73	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	18.73	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	TNS4	Q8IZW8	715 aa		18.73	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618		A0A1B0GUL6	1792 aa		18.73	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	GRM1	Q13255	1194 aa		18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	GCKR	Q14397	625 aa		18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	XDH	P47989	1333 aa		18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	18.72	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618		F6X3S4	739 aa		18.71	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	FOXN1	O15353	648 aa		18.71	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	EGFR	P00533	1210 aa		18.71	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	DLK2	Q6UY11	383 aa		18.71	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	DPF2	Q92785	391 aa		18.71	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		18.71	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		18.71	■□□□□ 0.59
ATG4B-223	ENST00000493618	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	18.7	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		18.7	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	ATP2B4	P23634	1241 aa		18.69	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	CASP7	P55210	303 aa		18.69	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		18.69	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	USP48	Q86UV5	1035 aa		18.69	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		18.69	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		18.69	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	FAM161A	Q3B820	660 aa		18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	LINS1	Q8NG48	757 aa		18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	AIDA	Q96BJ3	306 aa		18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	CAPNS2	Q96L46	248 aa		18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		18.68	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	ITGA6	P23229	1130 aa		18.67	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		18.67	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	18.66	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	18.66	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		18.66	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	WBP1L	Q9NX94	342 aa		18.66	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	18.66	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	ADM5	C9JUS6	153 aa		18.65	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	AOC2	O75106	756 aa		18.65	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		18.65	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	18.65	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	MED23	Q9ULK4	1368 aa		18.65	■□□□□ 0.58
ATG4B-223	ENST00000493618	CSF1R	P07333	972 aa		18.64	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	ECE1	P42892	770 aa		18.64	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	BEND3	Q5T5X7	828 aa		18.64	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	FBXW7	Q969H0	707 aa		18.64	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	MXD3	Q9BW11	206 aa		18.64	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		18.64	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	KLRK1	P26718	216 aa		18.63	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	18.63	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		18.63	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		18.63	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		18.63	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	18.63	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		18.63	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	USP17L3	A6NCW0	530 aa		18.62	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	USP17L4	A6NCW7	530 aa		18.62	■□□□□ 0.57
ATG4B-223	ENST00000493618	LBX1	P52954	281 aa		18.62	■□□□□ 0.57

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34.5 ms