RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	VPS33B	Q9H267	617 aa		29.38	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289		E9PSI1	815 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	PDE8A	O60658	829 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	29.37	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	CACNA1F	O60840	1977 aa		29.36	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	DDN	O94850	711 aa	Predicted RBP	29.36	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	MPND	Q8N594	471 aa		29.36	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	FZD9	O00144	591 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	29.35	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	LARGE2	Q8N3Y3	721 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	HSPA6	P17066	643 aa		29.34	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	29.34	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		29.34	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	29.34	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	29.34	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	POTEC	B2RU33	542 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	FSTL1	Q12841	308 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	29.33	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC51A	Q86UW1	340 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	29.33	■■■□□ 2.29
PTPN4-208	ENST00000460289	WDR90	Q96KV7	1748 aa		29.32	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	29.32	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	LINS1	Q8NG48	757 aa		29.32	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	PPIP5K2	O43314	1243 aa		29.31	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	29.31	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	SLFN5	Q08AF3	891 aa		29.31	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	IQCA1L	A6NCM1	817 aa		29.3	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	GCKR	Q14397	625 aa		29.3	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		29.3	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	29.3	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF541	Q9H0D2	1346 aa		29.29	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289		H7C1W4	665 aa		29.29	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	NIM1K	Q8IY84	436 aa		29.29	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	GPC2	Q8N158	579 aa		29.28	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	AOC3	Q16853	763 aa		29.27	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		29.27	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	29.27	■■■□□ 2.28
PTPN4-208	ENST00000460289	TAF1	P21675	1872 aa		29.26	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	CTSW	P56202	376 aa		29.26	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		29.26	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		29.25	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		29.25	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	29.25	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289		F6X3S4	739 aa		29.24	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	APLP1	P51693	650 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	BEND3	Q5T5X7	828 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	MIER1	Q8N108	512 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	29.23	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	GPSM2	P81274	684 aa		29.22	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		29.22	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	HACL1	Q9UJ83	578 aa		29.22	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		29.22	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	COL4A5	P29400	1685 aa		29.21	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	WASHC4	Q2M389	1173 aa		29.21	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	29.21	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	29.21	■■■□□ 2.27
PTPN4-208	ENST00000460289	C6orf229	H3BNL8	230 aa		29.2	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	CASP7	P55210	303 aa		29.2	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		29.2	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	29.19	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	EYA3	Q99504	573 aa		29.19	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	GREM2	Q9H772	168 aa		29.19	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		29.19	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	POLL	Q9UGP5	575 aa		29.19	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	SCN4A	P35499	1836 aa		29.18	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	RTL9	Q8NET4	1388 aa		29.18	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		29.18	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	ALDH1L1	O75891	902 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	CHADL	Q6NUI6	762 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	29.17	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	29.16	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	29.16	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	EPHX2	P34913	555 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	CXCL9	Q07325	125 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	SRCIN1	Q9C0H9	1055 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	COL4A1	P02462	1669 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	CSF1R	P07333	972 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	TNIP1	Q15025	636 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	LDHD	Q86WU2	507 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	29.15	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	PTPRC	P08575	1304 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		29.14	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	29.14	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	29.14	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	GGA1	Q9UJY5	639 aa		29.14	■■■□□ 2.26
PTPN4-208	ENST00000460289	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	GRM8	O00222	908 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	RIMBP2	O15034	1052 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PTPN4-208	ENST00000460289	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	29.13	■■■□□ 2.25

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