RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	TSC22D1	Q15714	1073 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM174B	Q3ZCQ3	159 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TIGD2	Q4W5G0	525 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	BEX5	Q5H9J7	111 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464		Q5PR19	223 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ANXA8L1	Q5VT79	327 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SHE	Q5VZ18	495 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF704	Q6ZNC4	412 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	C20orf204	Q6ZNR8	217 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHM3	Q6ZWE6	761 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGN2P46	Q86SG4	172 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KIRREL3	Q8IZU9	778 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TMCO5A	Q8N6Q1	288 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP6V1C2	Q8NEY4	427 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ST8SIA1	Q92185	356 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	S100PBP	Q96BU1	408 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ROPN1L	Q96C74	230 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC35A5	Q9BS91	424 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	THUMPD3	Q9BV44	507 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC106	Q9BWC9	280 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TIGAR	Q9NQ88	270 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	POLE3	Q9NRF9	147 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ACER3	Q9NUN7	267 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	BTNL2	Q9UIR0	455 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR45	Q9Y484	360 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR45	Q9Y5Y3	372 aa		10.63	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RAI1	Q7Z5J4	1906 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM120B	A0PK00	339 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDN24	A6NM45	220 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CYTIP	O60759	359 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	AGR2	O95994	175 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	YES1	P07947	543 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRM4	P08173	479 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PABPC4L	P0CB38	370 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	UBTFL6	P0CB48	400 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	FPR1	P21462	350 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	S100A3	P33764	101 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CDKN2C	P42773	168 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KHK	P50053	298 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	NME5	P56597	212 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRNE	Q04844	493 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MAPK11	Q15759	364 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM201	Q5SNT2	666 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF2IRD2B	Q6EKJ0	949 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ABLIM2	Q6H8Q1	611 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF3M	Q7L2H7	374 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	C16orf62	Q7Z3J2	963 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MAVS	Q7Z434	540 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ATG4D	Q86TL0	474 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF2IRD2	Q86UP8	949 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	STK32C	Q86UX6	486 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	WFDC8	Q8IUA0	241 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF619	Q8N2I2	560 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CIART	Q8N365	385 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC43A2	Q8N370	569 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD42	Q8N9B4	389 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	XAGE5	Q8WWM1	108 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PIGT	Q969N2	578 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PLPPR2	Q96GM1	343 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MAEL	Q96JY0	434 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	C18orf12	Q96KH6	178 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	COX4I2	Q96KJ9	171 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF300	Q96RE9	604 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL19	Q99731	98 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	INPP5K	Q9BT40	448 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC38A1	Q9H2H9	487 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CENPH	Q9H3R5	247 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR55	Q9H6Y2	383 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNK9	Q9NPC2	374 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC6A13	Q9NSD5	602 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	EXD2	Q9NVH0	621 aa		10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MARCO	Q9UEW3	520 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ABCA4	P78363	2273 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SMPD2	O60906	423 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PGR	P06401	933 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	INHBB	P09529	407 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PAX1	P15863	534 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PGC	P20142	388 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS4Y1	P22090	263 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	EPHA3	P29320	983 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC7A1	P30825	629 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	OR3A2	P47893	321 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	DIO1	P49895	249 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MVD	P53602	400 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MERTK	Q12866	999 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TAB1	Q15750	504 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SYPL1	Q16563	259 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SYT14P1	Q58G82	188 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	COX20	Q5RI15	118 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SFRP5	Q5T4F7	317 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS57	Q6UWY2	283 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TMPPE	Q6ZT21	453 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA19	Q7Z5L4	167 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	BIVM	Q86UB2	503 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKFN1	Q8N957	763 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	STEAP2	Q8NFT2	490 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB3IL1	Q8TBN0	382 aa		10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	CNOT9	Q92600	299 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
PTPRF-211	ENST00000467464	TLCD1	Q96CP7	247 aa		10.61	□□□□□ -0.71

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.7 ms