RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNK2	O95069	426 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNH1	O95259	989 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	OXSR1	O95747	527 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	ANGPTL1	O95841	491 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	CGA	P01215	116 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	HRG	P04196	525 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	CRH	P06850	196 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	PEPD	P12955	493 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	CCKAR	P32238	428 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	KIR2DL2	P43627	348 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	RFX3	P48380	749 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	MANF	P55145	182 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	MLC1	Q15049	377 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	CPEB4	Q17RY0	729 aa	Known RBP eCLIP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	GALNTL6	Q49A17	601 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	GLYR1	Q49A26	553 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	VWA1	Q6PCB0	445 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	UBQLNL	Q8IYU4	475 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	METTL25	Q8N6Q8	603 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	CDRT4	Q8N9R6	151 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	OR7A2P	Q8NGA2	310 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFP28	Q8NHY6	868 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMA8	Q8TAA3	256 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR151	Q8TDV0	419 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	NUDT8	Q8WV74	236 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	MTERF3	Q96E29	417 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM120B	Q96EK7	910 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	C16orf58	Q96GQ5	468 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	TMUB1	Q9BVT8	246 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	ACBD3	Q9H3P7	528 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHF2	Q9H8W4	249 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF122	Q9H9V4	155 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	SDHAF3	Q9NRP4	125 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3BP4	Q9P0V3	963 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHA6	Q9Y2H5	1048 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	TESMIN	Q9Y4I5	508 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	NF1	P21359	2839 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3D21	A4FU49	640 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC22A20	A6NK97	555 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01387	J3KSC0	135 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MSTN	O14793	375 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SIAH2	O43255	324 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	EMC8	O43402	210 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PEX11A	O75192	247 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GOSR1	O95249	250 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CHEK2	O96017	543 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	BPGM	P07738	259 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMA4	P25789	261 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GPC1	P35052	558 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ASMT	P46597	345 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PCYT1A	P49585	367 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKAG1	P54619	331 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMD4	P55036	377 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	RIPPLY3	P57055	190 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf67	Q0P5P2	114 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CD226	Q15762	336 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CTU2	Q2VPK5	515 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C6orf136	Q5SQH8	315 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR93	Q6P2C0	686 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF474	Q6S9Z5	364 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PAMR1	Q6UXH9	720 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	BTLA	Q7Z6A9	289 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	RIMKLA	Q8IXN7	391 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DDIAS	Q8IXT1	998 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP70	Q8NHQ1	597 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	GOT1L1	Q8NHS2	421 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	FNDC9	Q8TBE3	224 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	AGR3	Q8TD06	166 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9A6	Q92581	669 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CAVIN3	Q969G5	261 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MBD6	Q96DN6	1003 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF845	Q96IR2	970 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRG7	Q96K78	797 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP3R2	Q96LZ3	170 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	DACH2	Q96NX9	599 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PIGQ	Q9BRB3	760 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM109	Q9BVC6	243 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	TBL1XR1	Q9BZK7	514 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ROPN1B	Q9BZX4	212 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	IQCG	Q9H095	443 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	PTGES2	Q9H7Z7	377 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ROPN1	Q9HAT0	212 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C3orf14	Q9HBI5	128 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZDHHC2	Q9UIJ5	367 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MRTO4	Q9UKD2	239 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF175	Q9Y473	711 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	VPS13C	Q709C8	3753 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MED12	Q93074	2177 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	C7orf72	A4D263	438 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BML4	177 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SEC14L5	O43304	696 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	AQP8	O94778	261 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	ATE1	O95260	518 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGN2	P05204	90 aa	Known RBP	10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LAMP1	P11279	417 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	NID1	P14543	1247 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	TBXA2R	P21731	343 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LCN1	P31025	176 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-211	ENST00000467464	SERPINB5	P36952	375 aa		10.76	□□□□□ -0.69

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