RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000552222.5

CS-231, Transcript of citrate synthase, human

TSL 4

Gene CS, Length 555 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-231	ENST00000552222	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	19.33	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		19.33	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	19.32	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	19.32	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	ATP6V1A	P38606	617 aa		19.32	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		19.31	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		19.31	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	TGFB2	P61812	414 aa		19.3	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	RNF181	Q9P0P0	153 aa		19.3	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		19.3	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		19.29	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	FYB1	O15117	783 aa		19.28	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	FSTL1	Q12841	308 aa		19.28	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	19.28	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	ATG3	Q9NT62	314 aa		19.28	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		19.27	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	CHRNA5	P30532	468 aa		19.27	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	TMF1	P82094	1093 aa		19.27	■□□□□ 0.68
CS-231	ENST00000552222	GYS1	P13807	737 aa		19.26	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	RASSF7	Q02833	373 aa		19.26	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		19.26	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	RTL1	A6NKG5	1358 aa		19.26	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		19.25	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		19.25	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	19.24	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	19.24	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		19.24	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	19.24	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	19.24	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	C4A	P0C0L4	1744 aa		19.23	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	INSR	P06213	1382 aa		19.23	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	DCAF5	Q96JK2	942 aa		19.23	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	TESK2	Q96S53	571 aa		19.23	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		19.23	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	19.23	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		19.22	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	19.22	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		19.22	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	DDR1	Q08345	913 aa		19.21	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		19.21	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	PIM2	Q9P1W9	311 aa		19.21	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		19.21	■□□□□ 0.67
CS-231	ENST00000552222	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		19.2	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	19.2	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	KDR	P35968	1356 aa		19.19	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		19.19	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	FKBP8	Q14318	412 aa		19.19	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	19.19	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	PHKG2	P15735	406 aa		19.18	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	RFC4	P35249	363 aa		19.18	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	FLT4	P35916	1363 aa		19.18	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	EYA1	Q99502	592 aa		19.17	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	SPG7	Q9UQ90	795 aa		19.17	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		19.16	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	POTEC	B2RU33	542 aa		19.15	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	RPS6KA4	O75676	772 aa		19.15	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	19.15	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	19.15	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	19.15	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	SBF1	O95248	1867 aa		19.15	■□□□□ 0.66
CS-231	ENST00000552222	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	19.14	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	SLC34A2	O95436	690 aa		19.13	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	MYH14	Q7Z406	1995 aa	Known RBP	19.13	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	NCAPD2	Q15021	1401 aa		19.12	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	FOXN1	O15353	648 aa		19.12	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		19.12	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		19.12	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	19.11	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	POTEI	P0CG38	1075 aa		19.11	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	POTEJ	P0CG39	1038 aa		19.11	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		19.1	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	19.1	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	19.1	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	19.1	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	19.1	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	GLTPD2	A6NH11	291 aa		19.09	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	19.09	■□□□□ 0.65
CS-231	ENST00000552222	ADRA2B	P18089	450 aa		19.08	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	19.08	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	19.07	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	19.07	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	19.06	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		19.06	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	19.06	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	NFKBIE	O00221	500 aa		19.05	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	19.05	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	TM4SF1	P30408	202 aa		19.05	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		19.05	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	SLC24A1	O60721	1099 aa		19.04	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	LMNB1	P20700	586 aa		19.04	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	FAM161A	Q3B820	660 aa		19.04	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	19.04	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	19.04	■□□□□ 0.64	3e-6	■□□□□ 8.1
CS-231	ENST00000552222	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	19.03	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	19.03	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		19.02	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	CABP4	P57796	275 aa		19.02	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		19.02	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	POLK	Q9UBT6	870 aa		19.02	■□□□□ 0.64
CS-231	ENST00000552222	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		19.02	■□□□□ 0.64

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