Protein–RNA interactions for Protein: P08122

Col4a2, Collagen alpha-2(IV) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,707 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a2P08122 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC37.27■■■■□ 3.56
Col4a2P08122 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
Col4a2P08122 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
Col4a2P08122 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
Col4a2P08122 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC32.36■■■□□ 2.77
Col4a2P08122 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
Col4a2P08122 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
Col4a2P08122 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
Col4a2P08122 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
Col4a2P08122 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
Col4a2P08122 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Col4a2P08122 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC31.07■■■□□ 2.56
Col4a2P08122 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
Col4a2P08122 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
Col4a2P08122 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
Col4a2P08122 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Col4a2P08122 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
Col4a2P08122 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Col4a2P08122 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Col4a2P08122 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Col4a2P08122 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Col4a2P08122 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Col4a2P08122 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col4a2P08122 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.32
Col4a2P08122 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col4a2P08122 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
Col4a2P08122 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
Col4a2P08122 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Col4a2P08122 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
Col4a2P08122 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Col4a2P08122 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Col4a2P08122 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Col4a2P08122 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Col4a2P08122 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col4a2P08122 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col4a2P08122 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Col4a2P08122 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Col4a2P08122 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
Col4a2P08122 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col4a2P08122 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col4a2P08122 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col4a2P08122 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col4a2P08122 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col4a2P08122 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Col4a2P08122 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col4a2P08122 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Col4a2P08122 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col4a2P08122 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col4a2P08122 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col4a2P08122 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col4a2P08122 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
Col4a2P08122 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col4a2P08122 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col4a2P08122 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Col4a2P08122 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Col4a2P08122 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col4a2P08122 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col4a2P08122 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col4a2P08122 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col4a2P08122 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
Col4a2P08122 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col4a2P08122 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Col4a2P08122 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col4a2P08122 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col4a2P08122 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col4a2P08122 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
Col4a2P08122 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.01
Col4a2P08122 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col4a2P08122 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col4a2P08122 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col4a2P08122 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col4a2P08122 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Col4a2P08122 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col4a2P08122 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col4a2P08122 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Col4a2P08122 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Col4a2P08122 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Col4a2P08122 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col4a2P08122 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col4a2P08122 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col4a2P08122 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Col4a2P08122 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Col4a2P08122 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Col4a2P08122 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Col4a2P08122 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Col4a2P08122 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Col4a2P08122 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col4a2P08122 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Col4a2P08122 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
Col4a2P08122 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Col4a2P08122 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Col4a2P08122 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Col4a2P08122 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
Col4a2P08122 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Col4a2P08122 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Col4a2P08122 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Col4a2P08122 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Col4a2P08122 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Col4a2P08122 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Col4a2P08122 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 536.3 ms