Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AC090617.8-201ENST00000623339 167 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR664A-201ENST00000626086 82 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
SHHQ15465 AC073869.9-201ENST00000641610 120 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.369-201ENST00000365568 117 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU6-929P-201ENST00000384429 107 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNA5SP163-201ENST00000410304 99 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 AC093729.1-201ENST00000513074 128 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR5588-201ENST00000581890 63 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR4484-201ENST00000582855 83 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 AC084368.1-201ENST00000620935 65 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.788-201ENST00000622394 112 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
SHHQ15465 SNORD114-31-201ENST00000363219 75 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNY1P1-201ENST00000364372 112 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.313-201ENST00000365095 103 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU6-1036P-201ENST00000383959 104 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.407-201ENST00000383986 113 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.694-201ENST00000516677 117 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR876-201ENST00000401147 81 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU6-782P-201ENST00000516852 104 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR4667-201ENST00000578933 66 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
SHHQ15465 AP001180.6-201ENST00000584918 159 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
SHHQ15465 uc_338.10-201ENST00000621872 182 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR6514-201ENST00000622549 70 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Clostridiales-1.4-201ENST00000636807 150 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU6-208P-201ENST00000362431 107 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 SNORD114-16-201ENST00000363044 70 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.96-201ENST00000363092 109 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU6-624P-201ENST00000363411 107 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 SNORD114-15-201ENST00000364687 72 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNA5SP173-201ENST00000364857 136 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU6-652P-201ENST00000365488 107 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNY4P29-201ENST00000410801 97 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU7-74P-201ENST00000459104 62 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 SCARNA17.3-201ENST00000516381 125 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR6507-201ENST00000613630 70 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 IGLL4P-201ENST00000614590 133 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.12-201ENST00000362393 112 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.43-201ENST00000362670 111 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNA5SP368-201ENST00000364298 116 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.316-201ENST00000365118 111 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 RNU6-302P-201ENST00000365249 107 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MTATP6P29-201ENST00000415057 132 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 MIR4743-201ENST00000584576 69 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 U6.81-201ENST00000612550 106 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
SHHQ15465 Y_RNA.94-201ENST00000363068 106 ntBASIC0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-340P-201ENST00000364005 107 ntBASIC0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORD75.2-201ENST00000408784 58 ntBASIC0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SCARNA18B-201ENST00000458806 135 ntBASIC0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6ATAC22P-201ENST00000516794 89 ntBASIC0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-1039P-201ENST00000383931 107 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR450A2-201ENST00000385022 100 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORD77.2-201ENST00000391045 68 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 U3.27-201ENST00000391237 200 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-337P-201ENST00000391243 106 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNA5SP225-201ENST00000410874 135 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 AC244250.2-201ENST00000418731 148 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-180P-201ENST00000516697 61 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 AP000676.1-201ENST00000533307 52 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR3657-201ENST00000584818 117 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR6509-201ENST00000614603 85 ntBASIC0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIRLET7A1-201ENST00000362295 80 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU5F-1-201ENST00000362507 117 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-228P-201ENST00000362700 106 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-1276P-201ENST00000365372 104 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR604-201ENST00000384880 94 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 AL353795.2-201ENST00000431804 425 ntTSL 2 BASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU7-171P-201ENST00000459581 62 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR4290-201ENST00000583807 95 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 uc_338.36-201ENST00000622331 158 ntBASIC0□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR655-201ENST00000362159 97 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORD115-37-201ENST00000363768 82 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORA33.1-201ENST00000364957 130 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-1152P-201ENST00000384576 107 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-129P-201ENST00000391022 107 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU7-165P-201ENST00000458864 60 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR4712-201ENST00000583750 82 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 TRAJ37-201ENST00000612375 65 ntAPPRIS P1 BASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR1245B-201ENST00000636115 69 ntBASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 KIF20B-201ENST00000260753 6306 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC-0.01□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-260P-201ENST00000384092 107 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR610-201ENST00000385139 96 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 Y_RNA.606-201ENST00000410579 103 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 AL691482.2-201ENST00000457453 84 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU7-24P-201ENST00000458867 62 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 Y_RNA.660-201ENST00000516002 120 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 RNU6-982P-201ENST00000516216 102 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR548AG1-201ENST00000579932 66 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 AC108676.2-201ENST00000605225 163 ntBASIC-0.02□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SYCP2-202ENST00000371001 5479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORD95.1-201ENST00000364099 68 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORD114-29-201ENST00000364819 70 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORA26.2-201ENST00000390922 122 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 SNORA75.1-201ENST00000391130 148 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR1255A-201ENST00000408338 113 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 Y_RNA.633-201ENST00000459107 95 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 AC021146.9-201ENST00000512503 156 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR5704-201ENST00000584029 77 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 AC006254.2-201ENST00000603259 279 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 U7.6-201ENST00000610841 64 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
SHHQ15465 MIR8068-201ENST00000618032 68 ntBASIC-0.03□□□□□ -2.41
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