Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Mxi1-202ENSMUST00000025998 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Ddx28Q9CWT6 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ddx28Q9CWT6 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ddx28Q9CWT6 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 70.5 ms