Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
Usf1Q61069 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Usf1Q61069 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usf1Q61069 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
Usf1Q61069 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usf1Q61069 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Usf1Q61069 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Usf1Q61069 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usf1Q61069 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.4 ms